Rare and low-frequency coding variants alter human adult height.

Details

Ressource 1Download: 2017 Kutalik_Nature.pdf (686.74 [Ko])
State: Public
Version: Author's accepted manuscript
Serval ID
serval:BIB_CB04B9543EC2
Type
Article: article from journal or magazin.
Collection
Publications
Institution
Title
Rare and low-frequency coding variants alter human adult height.
Journal
Nature
Author(s)
Marouli E., Graff M., Medina-Gomez C., Lo K.S., Wood A.R., Kjaer T.R., Fine R.S., Lu Y., Schurmann C., Highland H.M., Rüeger S., Thorleifsson G., Justice A.E., Lamparter D., Stirrups K.E., Turcot V., Young K.L., Winkler T.W., Esko T., Karaderi T., Locke A.E., Masca N.G., Ng M.C., Mudgal P., Rivas M.A., Vedantam S., Mahajan A., Guo X., Abecasis G., Aben K.K., Adair L.S., Alam D.S., Albrecht E., Allin K.H., Allison M., Amouyel P., Appel E.V., Arveiler D., Asselbergs F.W., Auer P.L., Balkau B., Banas B., Bang L.E., Benn M., Bergmann S., Bielak L.F., Blüher M., Boeing H., Boerwinkle E., Böger C.A., Bonnycastle L.L., Bork-Jensen J., Bots M.L., Bottinger E.P., Bowden D.W., Brandslund I., Breen G., Brilliant M.H., Broer L., Burt A.A., Butterworth A.S., Carey D.J., Caulfield M.J., Chambers J.C., Chasman D.I., Chen Y.I., Chowdhury R., Christensen C., Chu A.Y., Cocca M., Collins F.S., Cook J.P., Corley J., Galbany J.C., Cox A.J., Cuellar-Partida G., Danesh J., Davies G., de Bakker P.I., de Borst G.J., de Denus S., de Groot M.C., de Mutsert R., Deary I.J., Dedoussis G., Demerath E.W., den Hollander A.I., Dennis J.G., Di Angelantonio E., Drenos F., Du M., Dunning A.M., Easton D.F., Ebeling T., Edwards T.L., Ellinor P.T., Elliott P., Evangelou E., Farmaki A.E., Faul J.D., Feitosa M.F., Feng S., Ferrannini E., Ferrario M.M., Ferrieres J., Florez J.C., Ford I., Fornage M., Franks P.W., Frikke-Schmidt R., Galesloot T.E., Gan W., Gandin I., Gasparini P., Giedraitis V., Giri A., Girotto G., Gordon S.D., Gordon-Larsen P., Gorski M., Grarup N., Grove M.L., Gudnason V., Gustafsson S., Hansen T., Harris K.M., Harris T.B., Hattersley A.T., Hayward C., He L., Heid I.M., Heikkilä K., Helgeland Ø., Hernesniemi J., Hewitt A.W., Hocking L.J., Hollensted M., Holmen O.L., Hovingh G.K., Howson J.M., Hoyng C.B., Huang P.L., Hveem K., Ikram M.A., Ingelsson E., Jackson A.U., Jansson J.H., Jarvik G.P., Jensen G.B., Jhun M.A., Jia Y., Jiang X., Johansson S., Jørgensen M.E., Jørgensen T., Jousilahti P., Jukema J.W., Kahali B., Kahn R.S., Kähönen M., Kamstrup P.R., Kanoni S., Kaprio J., Karaleftheri M., Kardia S.L., Karpe F., Kee F., Keeman R., Kiemeney L.A., Kitajima H., Kluivers K.B., Kocher T., Komulainen P., Kontto J., Kooner J.S., Kooperberg C., Kovacs P., Kriebel J., Kuivaniemi H., Küry S., Kuusisto J., La Bianca M., Laakso M., Lakka T.A., Lange E.M., Lange L.A., Langefeld C.D., Langenberg C., Larson E.B., Lee I.T., Lehtimäki T., Lewis C.E., Li H., Li J., Li-Gao R., Lin H., Lin L.A., Lin X., Lind L., Lindström J., Linneberg A., Liu Y., Liu Y., Lophatananon A., Luan J., Lubitz S.A., Lyytikäinen L.P., Mackey D.A., Madden P.A., Manning A.K., Männistö S., Marenne G., Marten J., Martin N.G., Mazul A.L., Meidtner K., Metspalu A., Mitchell P., Mohlke K.L., Mook-Kanamori D.O., Morgan A., Morris A.D., Morris A.P., Müller-Nurasyid M., Munroe P.B., Nalls M.A., Nauck M., Nelson C.P., Neville M., Nielsen S.F., Nikus K., Njølstad P.R., Nordestgaard B.G., Ntalla I., O'Connel J.R., Oksa H., Loohuis L.M., Ophoff R.A., Owen K.R., Packard C.J., Padmanabhan S., Palmer C.N., Pasterkamp G., Patel A.P., Pattie A., Pedersen O., Peissig P.L., Peloso G.M., Pennell C.E., Perola M., Perry J.A., Perry J.R., Person T.N., Pirie A., Polasek O., Posthuma D., Raitakari O.T., Rasheed A., Rauramaa R., Reilly D.F., Reiner A.P., Renström F., Ridker P.M., Rioux J.D., Robertson N., Robino A., Rolandsson O., Rudan I., Ruth K.S., Saleheen D., Salomaa V., Samani N.J., Sandow K., Sapkota Y., Sattar N., Schmidt M.K., Schreiner P.J., Schulze M.B., Scott R.A., Segura-Lepe M.P., Shah S., Sim X., Sivapalaratnam S., Small K.S., Smith A.V., Smith J.A., Southam L., Spector T.D., Speliotes E.K., Starr J.M., Steinthorsdottir V., Stringham H.M., Stumvoll M., Surendran P., 't Hart L.M., Tansey K.E., Tardif J.C., Taylor K.D., Teumer A., Thompson D.J., Thorsteinsdottir U., Thuesen B.H., Tönjes A., Tromp G., Trompet S., Tsafantakis E., Tuomilehto J., Tybjaerg-Hansen A., Tyrer J.P., Uher R., Uitterlinden A.G., Ulivi S., van der Laan S.W., Van Der Leij A.R., van Duijn C.M., van Schoor N.M., van Setten J., Varbo A., Varga T.V., Varma R., Edwards D.R., Vermeulen S.H., Vestergaard H., Vitart V., Vogt T.F., Vozzi D., Walker M., Wang F., Wang C.A., Wang S., Wang Y., Wareham N.J., Warren H.R., Wessel J., Willems S.M., Wilson J.G., Witte D.R., Woods M.O., Wu Y., Yaghootkar H., Yao J., Yao P., Yerges-Armstrong L.M., Young R., Zeggini E., Zhan X., Zhang W., Zhao J.H., Zhao W., Zhao W., Zheng H., Zhou W., Rotter J.I., Boehnke M., Kathiresan S., McCarthy M.I., Willer C.J., Stefansson K., Borecki I.B., Liu D.J., North K.E., Heard-Costa N.L., Pers T.H., Lindgren C.M., Oxvig C., Kutalik Z., Rivadeneira F., Loos R.J., Frayling T.M., Hirschhorn J.N., Deloukas P., Lettre G.
Working group(s)
EPIC-InterAct Consortium, CHD Exome+ Consortium, ExomeBP Consortium, T2D-Genes Consortium, GoT2D Genes Consortium, Global Lipids Genetics Consortium, ReproGen Consortium, MAGIC Investigators
ISSN
1476-4687 (Electronic)
ISSN-L
0028-0836
Publication state
Published
Issued date
09/02/2017
Peer-reviewed
Oui
Volume
542
Number
7640
Pages
186-190
Language
english
Abstract
Height is a highly heritable, classic polygenic trait with approximately 700 common associated variants identified through genome-wide association studies so far. Here, we report 83 height-associated coding variants with lower minor-allele frequencies (in the range of 0.1-4.8%) and effects of up to 2 centimetres per allele (such as those in IHH, STC2, AR and CRISPLD2), greater than ten times the average effect of common variants. In functional follow-up studies, rare height-increasing alleles of STC2 (giving an increase of 1-2 centimetres per allele) compromised proteolytic inhibition of PAPP-A and increased cleavage of IGFBP-4 in vitro, resulting in higher bioavailability of insulin-like growth factors. These 83 height-associated variants overlap genes that are mutated in monogenic growth disorders and highlight new biological candidates (such as ADAMTS3, IL11RA and NOX4) and pathways (such as proteoglycan and glycosaminoglycan synthesis) involved in growth. Our results demonstrate that sufficiently large sample sizes can uncover rare and low-frequency variants of moderate-to-large effect associated with polygenic human phenotypes, and that these variants implicate relevant genes and pathways.

Pubmed
Web of science
Create date
28/02/2017 12:35
Last modification date
20/08/2019 15:45
Usage data