Objectif : Dans le cadre de la création d’une nouvelle méthode de séquençage du TCR, mon objectif est d’optimiser l’amplification du TCR-β à partir d’ADN génomique.
Méthodologie : De l’ADN génomique a été extrait, puis le protocole de la PCR multiplexe avec des primers J et V du TCR-β a été optimisé en changeant les variables de celui-ci, l’amplicon obtenu suite à l’optimisation du protocole a été séquencé.
Résultats : En faisant varier les conditions PCR un fragment contenant l’ensemble des TCR a pu être obtenu. L’ensemble des primers fonctionnent, résultat du séquençage :une recombinaison V/J domine fortement autant dans l’échantillon PBMC que dansl’échantillon CD8 . Cela suggère que cette combinaison de primer fonctionne beaucoup mieux que les autres. Cela peut très bien venir d’un biais provenant de la méthode par PCRmultiplex, ou d’un bien provenant de l’échantillon lui même
L'amplification est assez spécifique puisque entre 91 et 95% des séquences ont pu être identifiées comme TCR.