Optimisation de PCR pour une nouvelle méthode de séquençage de TCR

Détails

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Etat: Public
Version: Après imprimatur
ID Serval
serval:BIB_A7C7B176C41A
Type
Mémoire
Sous-type
(Mémoire de) maîtrise (master)
Collection
Publications
Institution
Titre
Optimisation de PCR pour une nouvelle méthode de séquençage de TCR
Auteur(s)
ELIAS K.
Directeur(s)
HARARI A.
Codirecteur(s)
GENOLET R.
Détails de l'institution
Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine
Statut éditorial
Acceptée
Date de publication
2016
Langue
français
Nombre de pages
22
Résumé
Objectif : Dans le cadre de la création d’une nouvelle méthode de séquençage du TCR, mon objectif est d’optimiser l’amplification du TCR-β à partir d’ADN génomique.
Méthodologie : De l’ADN génomique a été extrait, puis le protocole de la PCR multiplexe avec des primers J et V du TCR-β a été optimisé en changeant les variables de celui-ci, l’amplicon obtenu suite à l’optimisation du protocole a été séquencé.
Résultats : En faisant varier les conditions PCR un fragment contenant l’ensemble des TCR a pu être obtenu. L’ensemble des primers fonctionnent, résultat du séquençage :une recombinaison V/J domine fortement autant dans l’échantillon PBMC que dansl’échantillon CD8 . Cela suggère que cette combinaison de primer fonctionne beaucoup mieux que les autres. Cela peut très bien venir d’un biais provenant de la méthode par PCRmultiplex, ou d’un bien provenant de l’échantillon lui même
L'amplification est assez spécifique puisque entre 91 et 95% des séquences ont pu être identifiées comme TCR.
Mots-clé
Cellule T, TCR, Polymerase chain reaction, electrophorese, séquençage, TCR rearrangement, primer, validation.
Création de la notice
06/09/2017 10:26
Dernière modification de la notice
20/08/2019 15:12
Données d'usage