Rare predicted loss-of-function variants of type I IFN immunity genes are associated with life-threatening COVID-19.

Details

Serval ID
serval:BIB_31798B2B6490
Type
Article: article from journal or magazin.
Collection
Publications
Institution
Title
Rare predicted loss-of-function variants of type I IFN immunity genes are associated with life-threatening COVID-19.
Journal
Genome medicine
Author(s)
Matuozzo D., Talouarn E., Marchal A., Zhang P., Manry J., Seeleuthner Y., Zhang Y., Bolze A., Chaldebas M., Milisavljevic B., Gervais A., Bastard P., Asano T., Bizien L., Barzaghi F., Abolhassani H., Abou Tayoun A., Aiuti A., Alavi Darazam I., Allende L.M., Alonso-Arias R., Arias A.A., Aytekin G., Bergman P., Bondesan S., Bryceson Y.T., Bustos I.G., Cabrera-Marante O., Carcel S., Carrera P., Casari G., Chaïbi K., Colobran R., Condino-Neto A., Covill L.E., Delmonte O.M., El Zein L., Flores C., Gregersen P.K., Gut M., Haerynck F., Halwani R., Hancerli S., Hammarström L., Hatipoğlu N., Karbuz A., Keles S., Kyheng C., Leon-Lopez R., Franco J.L., Mansouri D., Martinez-Picado J., Metin Akcan O., Migeotte I., Morange P.E., Morelle G., Martin-Nalda A., Novelli G., Novelli A., Ozcelik T., Palabiyik F., Pan-Hammarström Q., de Diego R.P., Planas-Serra L., Pleguezuelo D.E., Prando C., Pujol A., Reyes L.F., Rivière J.G., Rodriguez-Gallego C., Rojas J., Rovere-Querini P., Schlüter A., Shahrooei M., Sobh A., Soler-Palacin P., Tandjaoui-Lambiotte Y., Tipu I., Tresoldi C., Troya J., van de Beek D., Zatz M., Zawadzki P., Al-Muhsen S.Z., Alosaimi M.F., Alsohime F.M., Baris-Feldman H., Butte M.J., Constantinescu S.N., Cooper M.A., Dalgard C.L., Fellay J., Heath J.R., Lau Y.L., Lifton R.P., Maniatis T., Mogensen T.H., von Bernuth H., Lermine A., Vidaud M., Boland A., Deleuze J.F., Nussbaum R., Kahn-Kirby A., Mentre F., Tubiana S., Gorochov G., Tubach F., Hausfater P., Meyts I., Zhang S.Y., Puel A., Notarangelo L.D., Boisson-Dupuis S., Su H.C., Boisson B., Jouanguy E., Casanova J.L., Zhang Q., Abel L., Cobat A.
Working group(s)
COVID Human Genetic Effort, COVIDeF Study Group, French COVID Cohort Study Group, CoV-Contact Cohort, COVID-STORM Clinicians, COVID Clinicians, Orchestra Working Group, Amsterdam UMC Covid-19 Biobank, NIAID-USUHS COVID Study Group
Contributor(s)
Abel L., Al-Muhsen S., Al-Mulla F., Anderson M.S., Andreakos E., Arias A.A., Feldman H.B., Belot A., Biggs C.M., Bogunovic D., Bondarenko A., Bousfiha A.A., Brodin P., Bryceson Y., Bustamante C.D., Chakravorty S., Christodoulou J., Desai M., Drolet B.A., Baghdadi J.E., Espinosa-Padilla S., Franco J.L., Froidure A., Hagin D., Henrickson S.E., Hsieh EWY, Husebye E., Imai K., Itan Y., Jarvis E.D., Karamitros T., Kisand K., Ku C.L., Ling Y., Lucas C.L., Maródi L., Meyts I., Milner J.D., Mironska K., Morio T., Ng LFP, Notarangelo L.D., O'Farrelly C., Okada S., Planas A.M., Quintana-Murci L., Renia L., Resnick I., Rodríguez-Gallego C., Sancho-Shimizu V., Sediva A., Seppänen MRJ, Shcherbina A., Slaby O., Snow A.L., Soler-Palacín P., Spaan A.N., Tancevski I., Tangye S.G., Ramaswamy S., Turvey S.E., Uddin F., Uddin M.J., van de Beek D., Vinh D.C., Zatz M., Su H.C., Casanova J.L., Bureau S., Vacher Y., Gysembergh-Houal A., Demerville L., Chachoua A., Abad S., Abassi R., Abdellaoui A., Abdelmalek A., Abdoul H., Abergel H., Abeud F., Abgrall S., Abisror N., Adechian M., Aderdour N., Admane H.F., Adnet F., Afritt S., Agostini H., Aguilar C., Agut S., Aiello T.F., Kaci M.A., Oufella H.A., Ajeenthiravasan G., Alauzy V., Alby-Laurent F., Allard L., Alyanakian M.A., Borrero B.A., Amam S., Amrouche L., Andronikof M., Anglicheau D., Anguel N., Annane D., Aounzou M., Aparicio C., Aratus G., Arlet J.B., Arzoine J., Aslangul E., Assefi M., Aubry A., Audiffred L., Audureau E., Auger C.N., Auregan J.C., Awotar C., Milla S.A., Azan D., Azemar L., Azzouguen B., Elrufaai M.B., Badsi A., Bakouboula P., Balcerowiak C., Balde F., Baldivia E., Bangamingo E.F., Baptiste A., Baran-Marszak F., Barau C., Barget N., Baronnet F., Barthelemy R., Baudel J.L., Baudry C., Baudry E., Beaugerie L., Belamri A., Belaube N., Belilita R., Bellassen P., Belmokhtar R., Beltran I., Benainous R., Benallaoua M., Benamouzig R., Benbara A., Benhida J., Benkhelouf A., Benlagha J., Benmostafa C., Benothmane S., Bentifraouine M., Berard L., Bernier Q., Berti E., Bertier A., Berton L., Bessis S., Beurton A., Bianco C., Bianquis C., Bidar F., Blanche P., Blayau C., Bleibtreu A., Blin E., Bloch-Queyrat C., Boissier M.C., Bollens D., Bolzoni M., Bompard R.P., Bonnet N., Bonnouvrier J., Botha S., Boucenna W., Bouchama F., Bouchaud O., Bouchghoul H., Boudjebla T., Boudjema N., Bouffard C., Bougle A., Bouguerra M., Bouras L., Bourcier A., Durand A.B., Bourrier A., Bouscarat F., Bouvry D., Bouziri N., Bouzrara O., Bribier S., Brugier D., Brunel M., Bui E., Buisson A., Bukreyeva I., Bureau C., Cadranel J., Cailhol J., Calin R., Vega C.C., Canavaggio P., Cancella M., Cantin D., Cao A., Carbillon L., Carlier N., Cassard C., Castor G., Cauchy M., Cha O., Chaigne B., Challal S., Champion K., Chariot P., Chas J., Chauveau S., Chauvin A., Chauvin C., Chavarot N., Chebbout K., Cherai M., Cherubini I., Chevalier A., Chiarabini T., Chinet T., Chocron R., Choinier P., Chommeloux J., Choquet C., Choupeaux L., Chousterman B., Ciocan D., Clarke A., Clavere G., Clavier F., Clement K., Clerc S., Cohen Y., Cohen F., Cohen A., Coilly A., Colboc H., Colin P., Collet M., Comarmond C., Combacon E., Combes A., Comparon C., Constantin J.M., Cordel H., Cordier A.G., Costantini A., Chalumeau N.C., Couffignal C., Coupeau D., Creange A., Lamarre Y.C., Da Silveira C., Kayani SDGE, De Castro N., De Rycke Y., Del Pozo L., Delannoy Q., Delay M., Deleris R., Delforge J., Delphine L., Demare N., Demeret S., Demoule A., Deniau A., Depret F., Derolez S., Derradji O., Derridj N., Descamps V., Deschamps L., Desconclois C., Desnos C., Desongins K., Dhote R., Diallo B., Didier M., Diemer M., Diez S., Djadi-Prat J., Monnory F.D., Djebara S., Djebra N., Djietcheu M., Djillali H., Djouadi N., Donneger S., Dos Santos C., Dournon N., Dres M., Droctove L., Drogrey M., Dropy M., Drouet E., Dubosq V., Dubreucq E., Dubus E., Duchemann B., Duchenoy T., Dudoignon E., Dufau R., Dumas F., Duran C., Duron E., Durrbach A., Duvivier C., Ebstein N., Khalifa J.E., Elabbadi A., Elie C., Ernotte G., Esling A., Etienne M., Eyer X., Fartoukh M.S., Fayali T., Fermaut M., Fiorentino A., Fliss S., Fournier M.C., Fournier B., Francois H., Freynet O., Frigout Y., Fromont I., Fuentes A., Furet T., Galand J., Garnier M., Gaubert A., Gaudry S., Gaugain S., Gauthier D., Gautier M., Georgin-Lavialle S., Geromin D., Ghalayini M., Ghaleh B., Ghezal M., Gibelin A., Gimeno L., Girard B., Leprieur B.G., Gomes D., Gomes-Pires E., Gouge A., Gouja A., Goulet H., Goupil S., De Bouille J.G., Gras J., Greffe S., Grimaldi L., Guedeney P., Guidet B., Guillo M., Gulczynski M., Hadjam T., Haguenauer D., Hammal S., Hammoudi N., Hanon O., Harrois A., Hautem C., Hekimian G., Heming N., Hermine O., Ho S., Houllier M., Huot B., Huscenot T., Saied W., Ikherbane G., Imarazene M., Ingiliz P., Iratni L., Jaureguiberry S., Jean-Marc J.F., Jeyarajasingham D., Jouany P., Jouis V., Jourdaine C., Kafif O., Kallala R., Katsahian S., Kelesyan L., Keo V., Ketz F., Khamis W., Khelili E., Khellaf M., Youkou CGK, Kounis I., Kpalma G., Krause J., Labbe V., Lacombe K., Lacorte J.M., Lafont A.G., Lafont E., Lagha L., Lamhaut L., Lancelot A., Landman C., Lanternier F., Larcheveque C., Combe C.L., Lassel L., Laverdant B., Lavergne C., Lavillegrand J.R., Lazureanu P., Le Guennec L., Leberre L., Leblanc C., Leboyer M., Lecomte F., Lecorre M., Leenhardt R., Lefebvre M., Lefebvre B., Legendre P., Leger A., Legros L., Legrosse J., Lehuunghia S., Lemarec J., Leporrier-Ext J., Lesein M., Lesur H., Levy V., Levy A., Lopes E., Lopes A., Lopez V., Lopinto J., Lortholary O., Louadah B., Loze B., Lucas M.L., Lucasamichi A., Luong L.B., Magazimama-Ext A., Maingret D., Mameri L., Manivet P., Mansouri C., Marcault E., Marey J., Marin N., Marois C., Martin O., Martineau L., Martinez-Lopez C., Martyniuck P., De Farcy P.M., Marzouk N., Masmoudi R., Mebazaa A., Mechai F., Mecozzi F., Mediouni C., Megarbane B., Meghadecha M., Mejean É., Mekinian A., Abdelhadi N.M., Mekni R., Meliti T.S., Lima B.M., Meng P., Merbah S., Messani F., Messaoudi Y., Mewasing B.I., Meziane L., Michelot-Burger C., Mignot F., Minka F.H., Miyara M., Moine P., Molina J.M., Montegnies-Boulet A., Monti A., Montlahuc C., Montout A.L., Moores A., Morbieu C., Mortelette H., Mouly S., Muzaffar R., Nacerddine C.I., Nadal M., Nadif H., Nassarmadji K., Natella P., Ndingamondze S., Neraal S., Nguyen C., N'Guyen B., Larmurier I.N., Nlomenyengue L., Noel N., Nunes H., Omar E., Ouazene Z., Ouedraogo E., Ouelaa W., Oukhedouma A., Amara Y.O., Oya H., Oziel J., Padilla T., Paillaud E., Paiva S., Parfait B., Parize P., Parizot C., Parrot A., Pavot A., Peaudecerf L., Pene F., Pepin M., Pernet J., Pernin C., Petit M., Peyrony O., Pietri M.P., Pietri O., De Chambrun M.P., Pinson M., Pintado C., Piquard V., Pires C., Planquette B., Poirier S., Pomel A.L., Pons S., Ponscarme D., Pourcelot A., Pourcher V., Pouvaret A., Prever F., Previlon M., Prevost M., Provoost M.J., 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ISSN
1756-994X (Electronic)
ISSN-L
1756-994X
Publication state
Published
Issued date
05/04/2023
Peer-reviewed
Oui
Volume
15
Number
1
Pages
22
Language
english
Notes
Publication types: Journal Article ; Research Support, N.I.H., Extramural ; Research Support, Non-U.S. Gov't ; Research Support, N.I.H., Intramural
Publication Status: epublish
Abstract
We previously reported that impaired type I IFN activity, due to inborn errors of TLR3- and TLR7-dependent type I interferon (IFN) immunity or to autoantibodies against type I IFN, account for 15-20% of cases of life-threatening COVID-19 in unvaccinated patients. Therefore, the determinants of life-threatening COVID-19 remain to be identified in ~ 80% of cases.
We report here a genome-wide rare variant burden association analysis in 3269 unvaccinated patients with life-threatening COVID-19, and 1373 unvaccinated SARS-CoV-2-infected individuals without pneumonia. Among the 928 patients tested for autoantibodies against type I IFN, a quarter (234) were positive and were excluded.
No gene reached genome-wide significance. Under a recessive model, the most significant gene with at-risk variants was TLR7, with an OR of 27.68 (95%CI 1.5-528.7, P = 1.1 × 10 <sup>-4</sup> ) for biochemically loss-of-function (bLOF) variants. We replicated the enrichment in rare predicted LOF (pLOF) variants at 13 influenza susceptibility loci involved in TLR3-dependent type I IFN immunity (OR = 3.70[95%CI 1.3-8.2], P = 2.1 × 10 <sup>-4</sup> ). This enrichment was further strengthened by (1) adding the recently reported TYK2 and TLR7 COVID-19 loci, particularly under a recessive model (OR = 19.65[95%CI 2.1-2635.4], P = 3.4 × 10 <sup>-3</sup> ), and (2) considering as pLOF branchpoint variants with potentially strong impacts on splicing among the 15 loci (OR = 4.40[9%CI 2.3-8.4], P = 7.7 × 10 <sup>-8</sup> ). Finally, the patients with pLOF/bLOF variants at these 15 loci were significantly younger (mean age [SD] = 43.3 [20.3] years) than the other patients (56.0 [17.3] years; P = 1.68 × 10 <sup>-5</sup> ).
Rare variants of TLR3- and TLR7-dependent type I IFN immunity genes can underlie life-threatening COVID-19, particularly with recessive inheritance, in patients under 60 years old.
Keywords
Humans, Young Adult, Adult, Middle Aged, COVID-19, SARS-CoV-2, Toll-Like Receptor 3/genetics, Toll-Like Receptor 7, Interferon Type I, Autoantibodies, Immunity, Rare variants, Type I interferon
Pubmed
Web of science
Open Access
Yes
Create date
11/04/2023 17:05
Last modification date
18/11/2023 8:09
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