Comme d'autres institutions académiques européennes, les universités suisses connaissent des changements importants et « l'excellence académique » est devenu un critère central lors de la sélection des dossiers pour les postes de rang professoral. Dans cet article, nous analyserons les critères d'excellence tels qu'ils apparaissent dans le programme Professeur.e.s boursiers.ières du FNS et les confronterons aux résultats d'une recherche sur les trajectoires de la relève académique que nous avons menée à l'Université de Lausanne. Nous montrerons comment la définition de l'excellence académique obéit à des logiques genrées qui rendent l'accession à un poste professoral plus difficile pour les femmes que pour les hommes. Nous verrons pourquoi les critères d'évaluation des sciences dures, qui sont peu à peu transférés vers les sciences humaines, renforcent les mécanismes d'exclusions des femmes des mondes académiques.