Certaines maladies virales peuvent être tératogènes et leur prévention doit être proposée à toute femme en âge de procréer. Le choix d'immuniser une femme enceinte doit non seulement considérer le risque infectieux pour la mère et l'enfant exposé in utero mais aussi le risque lié au vaccin. Alors que certains vaccins viraux et bactériens ne semblent pas être tératogènes, les vaccins vivants atténués, en particulier le vaccin trivalent contre la rougeole, la rubéole et les oreillons, sont contre-indiqués durant la grossesse et les trois mois qui la précédent en raison d'un risque théorique d'infection du foetus et de perturbation de son développement. D'une façon générale, le report de la vaccination après l'organogenèse est une précaution raisonnable pour minimiser le risque de tératogénicité.