Les nouveautés diagnostiques en microbiologie à disposition du praticien concernent surtout le diagnostic rapide d'Infections respiratoires bactériennes ou virales par détection d'antigènes ou amplification du génome (angine, coqueluche, grippe, certains agents de pneumonie, tuberculose). Les méthodes moléculaires (PCR) sont devenues l'examen de choix pour les agents de maladies sexuellement transmissibles tels que Chlamydia, HPV, voire gonocoque, ainsi que pour détecter certaines infections congénitales durant la grossesse (toxoplasmose, CMV). On peut espérer qu'un diagnostic étiologique plus précis de nombre d'infections en milieu ambulatoire conduira à une réduction de l'emploi des antibiotiques et, par voie de conséquence, de la résistance microbienne.