The power of genetic diversity in genome-wide association studies of lipids.

Details

Ressource 1Download: s41586-021-04064-3.pdf (3889.19 [Ko])
State: Public
Version: Final published version
License: CC BY-NC 4.0
Serval ID
serval:BIB_E92E8C36729A
Type
Article: article from journal or magazin.
Collection
Publications
Institution
Title
The power of genetic diversity in genome-wide association studies of lipids.
Journal
Nature
Author(s)
Graham S.E., Clarke S.L., Wu K.H., Kanoni S., Zajac GJM, Ramdas S., Surakka I., Ntalla I., Vedantam S., Winkler T.W., Locke A.E., Marouli E., Hwang M.Y., Han S., Narita A., Choudhury A., Bentley A.R., Ekoru K., Verma A., Trivedi B., Martin H.C., Hunt K.A., Hui Q., Klarin D., Zhu X., Thorleifsson G., Helgadottir A., Gudbjartsson D.F., Holm H., Olafsson I., Akiyama M., Sakaue S., Terao C., Kanai M., Zhou W., Brumpton B.M., Rasheed H., Ruotsalainen S.E., Havulinna A.S., Veturi Y., Feng Q., Rosenthal E.A., Lingren T., Pacheco J.A., Pendergrass S.A., Haessler J., Giulianini F., Bradford Y., Miller J.E., Campbell A., Lin K., Millwood I.Y., Hindy G., Rasheed A., Faul J.D., Zhao W., Weir D.R., Turman C., Huang H., Graff M., Mahajan A., Brown M.R., Zhang W., Yu K., Schmidt E.M., Pandit A., Gustafsson S., Yin X., Luan J., Zhao J.H., Matsuda F., Jang H.M., Yoon K., Medina-Gomez C., Pitsillides A., Hottenga J.J., Willemsen G., Wood A.R., Ji Y., Gao Z., Haworth S., Mitchell R.E., Chai J.F., Aadahl M., Yao J., Manichaikul A., Warren H.R., Ramirez J., Bork-Jensen J., Kårhus L.L., Goel A., Sabater-Lleal M., Noordam R., Sidore C., Fiorillo E., McDaid A.F., Marques-Vidal P., Wielscher M., Trompet S., Sattar N., Møllehave L.T., Thuesen B.H., Munz M., Zeng L., Huang J., Yang B., Poveda A., Kurbasic A., Lamina C., Forer L., Scholz M., Galesloot T.E., Bradfield J.P., Daw E.W., Zmuda J.M., Mitchell J.S., Fuchsberger C., Christensen H., Brody J.A., Feitosa M.F., Wojczynski M.K., Preuss M., Mangino M., Christofidou P., Verweij N., Benjamins J.W., Engmann J., Kember R.L., Slieker R.C., Lo K.S., Zilhao N.R., Le P., Kleber M.E., Delgado G.E., Huo S., Ikeda D.D., Iha H., Yang J., Liu J., Leonard H.L., Marten J., Schmidt B., Arendt M., Smyth L.J., Cañadas-Garre M., Wang C., Nakatochi M., Wong A., Hutri-Kähönen N., Sim X., Xia R., Huerta-Chagoya A., Fernandez-Lopez J.C., Lyssenko V., Ahmed M., Jackson A.U., Irvin M.R., Oldmeadow C., Kim H.N., Ryu S., Timmers PRHJ, Arbeeva L., Dorajoo R., Lange L.A., Chai X., Prasad G., Lorés-Motta L., Pauper M., Long J., Li X., Theusch E., Takeuchi F., Spracklen C.N., Loukola A., Bollepalli S., Warner S.C., Wang Y.X., Wei W.B., Nutile T., Ruggiero D., Sung Y.J., Hung Y.J., Chen S., Liu F., Yang J., Kentistou K.A., Gorski M., Brumat M., Meidtner K., Bielak L.F., Smith J.A., Hebbar P., Farmaki A.E., Hofer E., Lin M., Xue C., Zhang J., Concas M.P., Vaccargiu S., van der Most P.J., Pitkänen N., Cade B.E., Lee J., van der Laan S.W., Chitrala K.N., Weiss S., Zimmermann M.E., Lee J.Y., Choi H.S., Nethander M., Freitag-Wolf S., Southam L., Rayner N.W., Wang C.A., Lin S.Y., Wang J.S., Couture C., Lyytikäinen L.P., Nikus K., Cuellar-Partida G., Vestergaard H., Hildalgo B., Giannakopoulou O., Cai Q., Obura M.O., van Setten J., Li X., Schwander K., Terzikhan N., Shin J.H., Jackson R.D., Reiner A.P., Martin L.W., Chen Z., Li L., Highland H.M., Young K.L., Kawaguchi T., Thiery J., Bis J.C., Nadkarni G.N., Launer L.J., Li H., Nalls M.A., Raitakari O.T., Ichihara S., Wild S.H., Nelson C.P., Campbell H., Jäger S., Nabika T., Al-Mulla F., Niinikoski H., Braund P.S., Kolcic I., Kovacs P., Giardoglou T., Katsuya T., Bhatti K.F., de Kleijn D., de Borst G.J., Kim E.K., Adams HHH, Ikram M.A., Zhu X., Asselbergs F.W., Kraaijeveld A.O., Beulens JWJ, Shu X.O., Rallidis L.S., Pedersen O., Hansen T., Mitchell P., Hewitt A.W., Kähönen M., Pérusse L., Bouchard C., Tönjes A., Chen Y.I., Pennell C.E., Mori T.A., Lieb W., Franke A., Ohlsson C., Mellström D., Cho Y.S., Lee H., Yuan J.M., Koh W.P., Rhee S.Y., Woo J.T., Heid I.M., Stark K.J., Völzke H., Homuth G., Evans M.K., Zonderman A.B., Polasek O., Pasterkamp G., Hoefer I.E., Redline S., Pahkala K., Oldehinkel A.J., Snieder H., Biino G., Schmidt R., Schmidt H., Chen Y.E., Bandinelli S., Dedoussis G., Thanaraj T.A., Kardia SLR, Kato N., Schulze M.B., Girotto G., Jung B., Böger C.A., Joshi P.K., Bennett D.A., De Jager P.L., Lu X., Mamakou V., Brown M., Caulfield M.J., Munroe P.B., Guo X., Ciullo M., Jonas J.B., Samani N.J., Kaprio J., Pajukanta P., Adair L.S., Bechayda S.A., de Silva H.J., Wickremasinghe A.R., Krauss R.M., Wu J.Y., Zheng W., den Hollander A.I., Bharadwaj D., Correa A., Wilson J.G., Lind L., Heng C.K., Nelson A.E., Golightly Y.M., Wilson J.F., Penninx B., Kim H.L., Attia J., Scott R.J., Rao D.C., Arnett D.K., Walker M., Koistinen H.A., Chandak G.R., Yajnik C.S., Mercader J.M., Tusié-Luna T., Aguilar-Salinas C.A., Villalpando C.G., Orozco L., Fornage M., Tai E.S., van Dam R.M., Lehtimäki T., Chaturvedi N., Yokota M., Liu J., Reilly D.F., McKnight A.J., Kee F., Jöckel K.H., McCarthy M.I., Palmer CNA, Vitart V., Hayward C., Simonsick E., van Duijn C.M., Lu F., Qu J., Hishigaki H., Lin X., März W., Parra E.J., Cruz M., Gudnason V., Tardif J.C., Lettre G., 't Hart L.M., Elders PJM, Damrauer S.M., Kumari M., Kivimaki M., van der Harst P., Spector T.D., Loos RJF, Province M.A., Psaty B.M., Brandslund I., Pramstaller P.P., Christensen K., Ripatti S., Widén E., Hakonarson H., Grant SFA, Kiemeney LALM, de Graaf J., Loeffler M., Kronenberg F., Gu D., Erdmann J., Schunkert H., Franks P.W., Linneberg A., Jukema J.W., Khera A.V., Männikkö M., Jarvelin M.R., Kutalik Z., Cucca F., Mook-Kanamori D.O., van Dijk K.W., Watkins H., Strachan D.P., Grarup N., Sever P., Poulter N., Rotter J.I., Dantoft T.M., Karpe F., Neville M.J., Timpson N.J., Cheng C.Y., Wong T.Y., Khor C.C., Sabanayagam C., Peters A., Gieger C., Hattersley A.T., Pedersen N.L., Magnusson PKE, Boomsma D.I., de Geus EJC, Cupples L.A., van Meurs JBJ, Ghanbari M., Gordon-Larsen P., Huang W., Kim Y.J., Tabara Y., Wareham N.J., Langenberg C., Zeggini E., Kuusisto J., Laakso M., Ingelsson E., Abecasis G., Chambers J.C., Kooner J.S., de Vries P.S., Morrison A.C., North K.E., Daviglus M., Kraft P., Martin N.G., Whitfield J.B., Abbas S., Saleheen D., Walters R.G., Holmes M.V., Black C., Smith B.H., Justice A.E., Baras A., Buring J.E., Ridker P.M., Chasman D.I., Kooperberg C., Wei W.Q., Jarvik G.P., Namjou B., Hayes M.G., Ritchie M.D., Jousilahti P., Salomaa V., Hveem K., Åsvold B.O., Kubo M., Kamatani Y., Okada Y., Murakami Y., Thorsteinsdottir U., Stefansson K., Ho Y.L., Lynch J.A., Rader D.J., Tsao P.S., Chang K.M., Cho K., O'Donnell C.J., Gaziano J.M., Wilson P., Rotimi C.N., Hazelhurst S., Ramsay M., Trembath R.C., van Heel D.A., Tamiya G., Yamamoto M., Kim B.J., Mohlke K.L., Frayling T.M., Hirschhorn J.N., Kathiresan S., Boehnke M., Natarajan P., Peloso G.M., Brown C.D., Morris A.P., Assimes T.L., Deloukas P., Sun Y.V., Willer C.J.
Working group(s)
VA Million Veteran Program, Global Lipids Genetics Consortium*
ISSN
1476-4687 (Electronic)
ISSN-L
0028-0836
Publication state
Published
Issued date
12/2021
Peer-reviewed
Oui
Volume
600
Number
7890
Pages
675-679
Language
english
Notes
Publication types: Journal Article ; Meta-Analysis
Publication Status: ppublish
Abstract
Increased blood lipid levels are heritable risk factors of cardiovascular disease with varied prevalence worldwide owing to different dietary patterns and medication use <sup>1</sup> . Despite advances in prevention and treatment, in particular through reducing low-density lipoprotein cholesterol levels <sup>2</sup> , heart disease remains the leading cause of death worldwide <sup>3</sup> . Genome-wideassociation studies (GWAS) of blood lipid levels have led to important biological and clinical insights, as well as new drug targets, for cardiovascular disease. However, most previous GWAS <sup>4-23</sup> have been conducted in European ancestry populations and may have missed genetic variants that contribute to lipid-level variation in other ancestry groups. These include differences in allele frequencies, effect sizes and linkage-disequilibrium patterns <sup>24</sup> . Here we conduct a multi-ancestry, genome-wide genetic discovery meta-analysis of lipid levels in approximately 1.65 million individuals, including 350,000 of non-European ancestries. We quantify the gain in studying non-European ancestries and provide evidence to support the expansion of recruitment of additional ancestries, even with relatively small sample sizes. We find that increasing diversity rather than studying additional individuals of European ancestry results in substantial improvements in fine-mapping functional variants and portability of polygenic prediction (evaluated in approximately 295,000 individuals from 7 ancestry groupings). Modest gains in the number of discovered loci and ancestry-specific variants were also achieved. As GWAS expand emphasis beyond the identification of genes and fundamental biology towards the use of genetic variants for preventive and precision medicine <sup>25</sup> , we anticipate that increased diversity of participants will lead to more accurate and equitable <sup>26</sup> application of polygenic scores in clinical practice.
Keywords
Cardiovascular Diseases/genetics, Genetic Predisposition to Disease/genetics, Genome-Wide Association Study/methods, Humans, Linkage Disequilibrium, Multifactorial Inheritance, Polymorphism, Single Nucleotide/genetics
Pubmed
Web of science
Create date
17/12/2021 18:33
Last modification date
19/07/2023 7:16
Usage data