Common variants in Alzheimer's disease and risk stratification by polygenic risk scores.

de Rojas, I.; Moreno-Grau, S.; Tesi, N.; Grenier-Boley, B.; Andrade, V.; Jansen, I.E.; Pedersen, N.L.; Stringa, N.; Zettergren, A.; Hernández, I.; Montrreal, L.; Antúnez, C.; Antonell, A.; Tankard, R.M.; Bis, J.C.; Sims, R.; Bellenguez, C.; Quintela, I.; González-Perez, A.; Calero, M.; Franco-Macías, E.; Macías, J.; Blesa, R.; Cervera-Carles, L.; Menéndez-González, M.; Frank-García, A.; Royo, J.L.; Moreno, F.; Huerto Vilas, R.; Baquero, M.; Diez-Fairen, M.; Lage, C.; García-Madrona, S.; García-González, P.; Alarcón-Martín, E.; Valero, S.; Sotolongo-Grau, O.; Ullgren, A.; Naj, A.C.; Lemstra, A.W.; Benaque, A.; Pérez-Cordón, A.; Benussi, A.; Rábano, A.; Padovani, A.; Squassina, A.; de Mendonça, A.; Arias Pastor, A.; Kok, AAL; Meggy, A.; Pastor, A.B.; Espinosa, A.; Corma-Gómez, A.; Martín Montes, A.; Sanabria, Á.; DeStefano, A.L.; Schneider, A.; Haapasalo, A.; Kinhult Ståhlbom, A.; Tybjærg-Hansen, A.; Hartmann, A.M.; Spottke, A.; Corbatón-Anchuelo, A.; Rongve, A.; Borroni, B.; Arosio, B.; Nacmias, B.; Nordestgaard, B.G.; Kunkle, B.W.; Charbonnier, C.; Abdelnour, C.; Masullo, C.; Martínez Rodríguez, C.; Muñoz-Fernandez, C.; Dufouil, C.; Graff, C.; Ferreira, C.B.; Chillotti, C.; Reynolds, C.A.; Fenoglio, C.; Van Broeckhoven, C.; Clark, C.; Pisanu, C.; Satizabal, C.L.; Holmes, C.; Buiza-Rueda, D.; Aarsland, D.; Rujescu, D.; Alcolea, D.; Galimberti, D.; Wallon, D.; Seripa, D.; Grünblatt, E.; Dardiotis, E.; Düzel, E.; Scarpini, E.; Conti, E.; Rubino, E.; Gelpi, E.; Rodriguez-Rodriguez, E.; Duron, E.; Boerwinkle, E.; Ferri, E.; Tagliavini, F.; Küçükali, F.; Pasquier, F.; Sanchez-Garcia, F.; Mangialasche, F.; Jessen, F.; Nicolas, G.; Selbæk, G.; Ortega, G.; Chêne, G.; Hadjigeorgiou, G.; Rossi, G.; Spalletta, G.; Giaccone, G.; Grande, G.; Binetti, G.; Papenberg, G.; Hampel, H.; Bailly, H.; Zetterberg, H.; Soininen, H.; Karlsson, I.K.; Alvarez, I.; Appollonio, I.; Giegling, I.; Skoog, I.; Saltvedt, I.; Rainero, I.; Rosas Allende, I.; Hort, J.; Diehl-Schmid, J.; Van Dongen, J.; Vidal, J.S.; Lehtisalo, J.; Wiltfang, J.; Thomassen, J.Q.; Kornhuber, J.; Haines, J.L.; Vogelgsang, J.; Pineda, J.A.; Fortea, J.; Popp, J.; Deckert, J.; Buerger, K.; Morgan, K.; Fließbach, K.; Sleegers, K.; Molina-Porcel, L.; Kilander, L.; Weinhold, L.; Farrer, L.A.; Wang, L.S.; Kleineidam, L.; Farotti, L.; Parnetti, L.; Tremolizzo, L.; Hausner, L.; Benussi, L.; Froelich, L.; Ikram, M.A.; Deniz-Naranjo, M.C.; Tsolaki, M.; Rosende-Roca, M.; Löwenmark, M.; Hulsman, M.; Spallazzi, M.; Pericak-Vance, M.A.; Esiri, M.; Bernal Sánchez-Arjona, M.; Dalmasso, M.C.; Martínez-Larrad, M.T.; Arcaro, M.; Nöthen, M.M.; Fernández-Fuertes, M.; Dichgans, M.; Ingelsson, M.; Herrmann, M.J.; Scherer, M.; Vyhnalek, M.; Kosmidis, M.H.; Yannakoulia, M.; Schmid, M.; Ewers, M.; Heneka, M.T.; Wagner, M.; Scamosci, M.; Kivipelto, M.; Hiltunen, M.; Zulaica, M.; Alegret, M.; Fornage, M.; Roberto, N.; van Schoor, N.M.; Seidu, N.M.; Banaj, N.; Armstrong, N.J.; Scarmeas, N.; Scherbaum, N.; Goldhardt, O.; Hanon, O.; Peters, O.; Skrobot, O.A.; Quenez, O.; Lerch, O.; Bossù, P.; Caffarra, P.; Dionigi Rossi, P.; Sakka, P.; Hoffmann, P.; Holmans, P.A.; Fischer, P.; Riederer, P.; Yang, Q.; Marshall, R.; Kalaria, R.N.; Mayeux, R.; Vandenberghe, R.; Cecchetti, R.; Ghidoni, R.; Frikke-Schmidt, R.; Sorbi, S.; Hägg, S.; Engelborghs, S.; Helisalmi, S.; Botne Sando, S.; Kern, S.; Archetti, S.; Boschi, S.; Fostinelli, S.; Gil, S.; Mendoza, S.; Mead, S.; Ciccone, S.; Djurovic, S.; Heilmann-Heimbach, S.; Riedel-Heller, S.; Kuulasmaa, T.; Del Ser, T.; Lebouvier, T.; Polak, T.; Ngandu, T.; Grimmer, T.; Bessi, V.; Escott-Price, V.; Giedraitis, V.; Deramecourt, V.; Maier, W.; Jian, X.; Pijnenburg, YAL; Kehoe, P.G.; Garcia-Ribas, G.; Sánchez-Juan, P.; Pastor, P.; Pérez-Tur, J.; Piñol-Ripoll, G.; Lopez de Munain, A.; García-Alberca, J.M.; Bullido, M.J.; Álvarez, V.; Lleó, A.; Real, L.M.; Mir, P.; Medina, M.; Scheltens, P.; Holstege, H.; Marquié, M.; Sáez, M.E.; Carracedo, Á.; Amouyel, P.; Schellenberg, G.D.; Williams, J.; Seshadri, S.; van Duijn, C.M.; Mather, K.A.; Sánchez-Valle, R.; Serrano-Ríos, M.; Orellana, A.; Tárraga, L.; Blennow, K.; Huisman, M.; Andreassen, O.A.; Posthuma, D.; Clarimón, J.; Boada, M.; van der Flier, W.M.; Ramirez, A.; Lambert, J.C.; van der Lee, S.J.; Ruiz, A.

doi:10.1038/s41467-021-22491-8

Common variants in Alzheimer's disease and risk stratification by polygenic risk scores.

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UNIL/CHUV

Title

Common variants in Alzheimer's disease and risk stratification by polygenic risk scores.

Journal

Nature communications

Author(s)

de Rojas I., Moreno-Grau S., Tesi N., Grenier-Boley B., Andrade V., Jansen I.E., Pedersen N.L., Stringa N., Zettergren A., Hernández I., Montrreal L., Antúnez C., Antonell A., Tankard R.M., Bis J.C., Sims R., Bellenguez C., Quintela I., González-Perez A., Calero M., Franco-Macías E., Macías J., Blesa R., Cervera-Carles L., Menéndez-González M., Frank-García A., Royo J.L., Moreno F., Huerto Vilas R., Baquero M., Diez-Fairen M., Lage C., García-Madrona S., García-González P., Alarcón-Martín E., Valero S., Sotolongo-Grau O., Ullgren A., Naj A.C., Lemstra A.W., Benaque A., Pérez-Cordón A., Benussi A., Rábano A., Padovani A., Squassina A., de Mendonça A., Arias Pastor A., Kok AAL, Meggy A., Pastor A.B., Espinosa A., Corma-Gómez A., Martín Montes A., Sanabria Á., DeStefano A.L., Schneider A., Haapasalo A., Kinhult Ståhlbom A., Tybjærg-Hansen A., Hartmann A.M., Spottke A., Corbatón-Anchuelo A., Rongve A., Borroni B., Arosio B., Nacmias B., Nordestgaard B.G., Kunkle B.W., Charbonnier C., Abdelnour C., Masullo C., Martínez Rodríguez C., Muñoz-Fernandez C., Dufouil C., Graff C., Ferreira C.B., Chillotti C., Reynolds C.A., Fenoglio C., Van Broeckhoven C., Clark C., Pisanu C., Satizabal C.L., Holmes C., Buiza-Rueda D., Aarsland D., Rujescu D., Alcolea D., Galimberti D., Wallon D., Seripa D., Grünblatt E., Dardiotis E., Düzel E., Scarpini E., Conti E., Rubino E., Gelpi E., Rodriguez-Rodriguez E., Duron E., Boerwinkle E., Ferri E., Tagliavini F., Küçükali F., Pasquier F., Sanchez-Garcia F., Mangialasche F., Jessen F., Nicolas G., Selbæk G., Ortega G., Chêne G., Hadjigeorgiou G., Rossi G., Spalletta G., Giaccone G., Grande G., Binetti G., Papenberg G., Hampel H., Bailly H., Zetterberg H., Soininen H., Karlsson I.K., Alvarez I., Appollonio I., Giegling I., Skoog I., Saltvedt I., Rainero I., Rosas Allende I., Hort J., Diehl-Schmid J., Van Dongen J., Vidal J.S., Lehtisalo J., Wiltfang J., Thomassen J.Q., Kornhuber J., Haines J.L., Vogelgsang J., Pineda J.A., Fortea J., Popp J., Deckert J., Buerger K., Morgan K., Fließbach K., Sleegers K., Molina-Porcel L., Kilander L., Weinhold L., Farrer L.A., Wang L.S., Kleineidam L., Farotti L., Parnetti L., Tremolizzo L., Hausner L., Benussi L., Froelich L., Ikram M.A., Deniz-Naranjo M.C., Tsolaki M., Rosende-Roca M., Löwenmark M., Hulsman M., Spallazzi M., Pericak-Vance M.A., Esiri M., Bernal Sánchez-Arjona M., Dalmasso M.C., Martínez-Larrad M.T., Arcaro M., Nöthen M.M., Fernández-Fuertes M., Dichgans M., Ingelsson M., Herrmann M.J., Scherer M., Vyhnalek M., Kosmidis M.H., Yannakoulia M., Schmid M., Ewers M., Heneka M.T., Wagner M., Scamosci M., Kivipelto M., Hiltunen M., Zulaica M., Alegret M., Fornage M., Roberto N., van Schoor N.M., Seidu N.M., Banaj N., Armstrong N.J., Scarmeas N., Scherbaum N., Goldhardt O., Hanon O., Peters O., Skrobot O.A., Quenez O., Lerch O., Bossù P., Caffarra P., Dionigi Rossi P., Sakka P., Hoffmann P., Holmans P.A., Fischer P., Riederer P., Yang Q., Marshall R., Kalaria R.N., Mayeux R., Vandenberghe R., Cecchetti R., Ghidoni R., Frikke-Schmidt R., Sorbi S., Hägg S., Engelborghs S., Helisalmi S., Botne Sando S., Kern S., Archetti S., Boschi S., Fostinelli S., Gil S., Mendoza S., Mead S., Ciccone S., Djurovic S., Heilmann-Heimbach S., Riedel-Heller S., Kuulasmaa T., Del Ser T., Lebouvier T., Polak T., Ngandu T., Grimmer T., Bessi V., Escott-Price V., Giedraitis V., Deramecourt V., Maier W., Jian X., Pijnenburg YAL, Kehoe P.G., Garcia-Ribas G., Sánchez-Juan P., Pastor P., Pérez-Tur J., Piñol-Ripoll G., Lopez de Munain A., García-Alberca J.M., Bullido M.J., Álvarez V., Lleó A., Real L.M., Mir P., Medina M., Scheltens P., Holstege H., Marquié M., Sáez M.E., Carracedo Á., Amouyel P., Schellenberg G.D., Williams J., Seshadri S., van Duijn C.M., Mather K.A., Sánchez-Valle R., Serrano-Ríos M., Orellana A., Tárraga L., Blennow K., Huisman M., Andreassen O.A., Posthuma D., Clarimón J., Boada M., van der Flier W.M., Ramirez A., Lambert J.C., van der Lee S.J., Ruiz A.

Working group(s)

EADB contributors, GR@ACE study group, DEGESCO consortium, IGAP (ADGC, CHARGE, EADI, GERAD), PGC-ALZ consortia

Contributor(s)

Smith A.D., Saenz A., Bizzarro A., Lauria A., Vacca A., Solomon A., Anastasiou A., Richardson A., Boland A., Koivisto A., Daniele A., Greco A., Marianthi A., McGuinness B., Fin B., Ferrari C., Custodero C., Ferrarese C., Ingino C., Mangone C., Reyes Toso C., Martínez C., Cuesta C., Muchnik C., Joachim C., Ortiz C., Besse C., Johansson C., Zoia C.P., Laske C., Anastasiou C., Palacio D.L., Politis D.G., Janowitz D., Craig D., Mann D.M., Neary D., Jürgen D., Daian D., Belezhanska D., Kohler E., Castaño E.M., Koutsouraki E., Chipi E., De Roeck E., Costantini E., Vardy ERLC, Piras F., Roveta F., Piras F., Prestia F.A., Assogna F., Salani F., Sala G., Lacidogna G., Novack G., Wilcock G., Thonberg H., Kölsch H., Weber H., Boecker H., Etchepareborda I., Piaceri I., Tuomilehto J., Lindström J., Laczo J., Johnston J., Deleuze J.F., Harris J., Schott J.M., Priller J., Bacha J.I., Snowden J., Lisso J., Mihova K.Y., Traykov L., Morelli L., Brusco L.I., Rainer M., Takalo M., Bjerke M., Del Zompo M., Serpente M., Sanchez Abalos M., Rios M., Peltonen M., Herrman M.J., Kosmidis M.H., Kohler M., Rojo M., Jones M., Orsini M., Medel N., Olivar N., Fox N.C., Salvadori N., Hooper N.M., Galeano P., Solis P., Bastiani P., Mecocci P., Passmore P., Heun R., Antikainen R., Olaso R., Perneczky R., Germani S., López-García S., Love S., Mehrabian S., Bagnoli S., Kochen S., Andreoni S., Teipel S., Todd S., Pickering-Brown S., Natunen T., Tegos T., Laatikainen T., Strandberg T., Polvikoski T.M., Matoska V., Ciullo V., Cores V., Solfrizzi V., Lisetti V., Sevillano Z., Abdelnour C., Aguilera N., Alarcon E., Alegret M., Benaque A., Boada M., Buendia M., Cañabate P., Carracedo A., Corbatón-Anchuelo A., de Rojas I., Diego S., Espinosa A., Gailhajenet A., García-González P., Gil S., Guitart M., González-Pérez A., Hernández I., Ibarria M., Lafuente A., Macias J., Maroñas O., Martín E., Martínez M.T., Marquié M., Mauleón A., Montrreal L., Moreno-Grau S., Moreno M., Orellana A., Ortega G., Pancho A., Pelejá E., Pérez-Cordon A., Pineda J.A., Preckler S., Quintela I., Real L.M., Rosende-Roca M., Ruiz A., Sáez M.E., Sanabria A., Serrano-Rios M., Sotolongo-Grau O., Tárraga L., Valero S., Vargas L., Adarmes-Gómez A.D., Alarcón-Martín E., Alonso M.D., Álvarez I., Álvarez V., Amer-Ferrer G., Antequera M., Antúnez C., Baquero M., Bernal M., Blesa R., Boada M., Buiza-Rueda D., Bullido M.J., Burguera J.A., Calero M., Carrillo F., Carrión-Claro M., Casajeros M.J., Clarimón J., Cruz-Gamero J.M., de Pancorbo M.M., de Rojas I., Del Ser T., Diez-Fairen M., Escuela R., Garrote-Espina L., Fortea J., Franco-Macías E., Frank-García A., García-Alberca J.M., Garcia Madrona S., Garcia-Ribas G., Gómez-Garre P., Hernández I., Hevilla S., Jesús S., Labrador Espinosa M.A., Lage C., Legaz A., Lleó A., Lopez de Munain A., López-García S., Macias-García D., Manzanares S., Marín M., Marín-Muñoz J., Marín T., Marquié M., Martín Montes A., Martínez B., Martínez C., Martínez V., Martínez-Lage Álvarez P., Medina M., Mendioroz Iriarte M., Menéndez-González M., Mir P., Molinuevo J.L., Pastor P., Pérez Tur J., Periñán-Tocino T., Pineda-Sanchez R., Piñol-Ripoll G., Rábano A., Real de Asúa D., Rodrigo S., Rodríguez-Rodríguez E., Royo J.L., Ruiz A., Sanchez Del Valle Díaz R., Sánchez-Juan P., Sastre I., Valero S., Vicente M.P., Vigo-Ortega R., Vivancos L., Macleod C., McCracken C., Brayne C., Bresner C., Grozeva D., Bellou E., Sommerville E.W., Matthews F., Leonenko G., Menzies G., Windle G., Harwood J., Phillips J., Bennett K., Luckuck L., Clare L., Woods R., Saad S., Burholt V., Jansen I.E., Rongve A.

ISSN

2041-1723 (Electronic)

ISSN-L

2041-1723

Publication state

Published

Issued date

07/06/2021

Peer-reviewed

Oui

Volume

Number

Pages

3417

Language

english

Notes

Publication types: Journal Article ; Research Support, N.I.H., Extramural ; Research Support, Non-U.S. Gov't ; Validation Study
Publication Status: epublish

Abstract

Genetic discoveries of Alzheimer's disease are the drivers of our understanding, and together with polygenetic risk stratification can contribute towards planning of feasible and efficient preventive and curative clinical trials. We first perform a large genetic association study by merging all available case-control datasets and by-proxy study results (discovery n = 409,435 and validation size n = 58,190). Here, we add six variants associated with Alzheimer's disease risk (near APP, CHRNE, PRKD3/NDUFAF7, PLCG2 and two exonic variants in the SHARPIN gene). Assessment of the polygenic risk score and stratifying by APOE reveal a 4 to 5.5 years difference in median age at onset of Alzheimer's disease patients in APOE ɛ4 carriers. Because of this study, the underlying mechanisms of APP can be studied to refine the amyloid cascade and the polygenic risk score provides a tool to select individuals at high risk of Alzheimer's disease.

Keywords

Age of Onset, Aged, Aged, 80 and over, Alzheimer Disease/epidemiology, Alzheimer Disease/genetics, Alzheimer Disease/pathology, Amyloid beta-Protein Precursor/genetics, Amyloid beta-Protein Precursor/metabolism, Apolipoproteins E/genetics, Case-Control Studies, Cohort Studies, Datasets as Topic, Female, Follow-Up Studies, Genetic Predisposition to Disease, Genome-Wide Association Study, Heterozygote, Humans, Male, Middle Aged, Multifactorial Inheritance, Polymorphism, Single Nucleotide, Risk Assessment/methods, Risk Factors

URN

urn:nbn:ch:serval-BIB_AEF4F55D3F313

OAI-PMH

oai:serval.unil.ch:BIB_AEF4F55D3F31

DOI

10.1038/s41467-021-22491-8

Pubmed

34099642

Web of science

000713875100002

Open Access

Yes