Les environnements de montagne sont de longue date le lieu et la cible de politiques de
recherches dites partenariales, qui privilégient des approches en co-construction de
problématiques de recherche, entre acteurs du développement, professionnels et
scientifiques. Les recherches portant sur les filières laitières françaises des Alpes et du Jura sont
exemplaires de cette situation. En prenant l’exemple de la microbiologie laitière et l’émergence
de la notion de « terroir microbien » dans les Alpes et le Jura, je propose dans cet article de
répondre à la question suivante : comment produit-on du savoir en contexte alpin ? Dans une
première partie, je présenterai les différentes formes prises par ces recherches collaboratives
depuis les années 1960. Dans une seconde partie, je montrerai comment la notion de « terroir
microbien » a pu émerger au sein de ces dispositifs de recherche et je développerai l’idée que ces
recherches participatives restent toutefois des formes minoritaires d’élaboration des
connaissances en microbiologie. Je m’appuierai pour ce travail sur une analyse de la littérature
réflexive publiée par ces différents projets de recherche ainsi que sur des analyses
scientométriques et un travail sur archives effectués entre 2016 et 2020 dans les Alpes du Nord.