Avec l'exemple de la coopération interuniversitaire sur le bassin lémanique (cantons de Genève et de Vaud), cet article vise à montrer comment les universités en Suisse ont été en quelque sorte « reterritorialisées » dans des espaces métropolitains/régionaux (supra-cantonaux) et nationaux au cours de ces vingt dernières années dans le double contexte des transformations des sciences et des dynamiques territoriales à l'oeuvre à différentes échelles. Les incitations financières de l'Etat central (la Confédération) ont joué un rôle déterminant dans les recompositions territoriales découlant de cette politique universitaire.