The European Reference Genome Atlas: piloting a decentralised approach to equitable biodiversity genomics.

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Serval ID
serval:BIB_0540FD88F706
Type
Article: article from journal or magazin.
Collection
Publications
Institution
UNIL/CHUV
Title
The European Reference Genome Atlas: piloting a decentralised approach to equitable biodiversity genomics.
Journal
npj biodiversity
Author(s)
Mc Cartney A.M., Formenti G., Mouton A., De Panis D., Marins L.S., Leitão H.G., Diedericks G., Kirangwa J., Morselli M., Salces-Ortiz J., Escudero N., Iannucci A., Natali C., Svardal H., Fernández R., De Pooter T., Joris G., Strazisar M., Wood JMD, Herron K.E., Seehausen O., Watts P.C., Shaw F., Davey R.P., Minotto A., Fernández J.M., Böhne A., Alegria C., Alioto T., Alves P.C., Amorim I.R., Aury J.M., Backstrom N., Baldrian P., Baltrunaite L., Barta E., BedHom B., Belser C., Bergsten J., Bertrand L., Bilandija H., Binzer-Panchal M., Bista I., Blaxter M., Borges PAV, Dias G.B., Bosse M., Brown T., Bruggmann R., Buena-Atienza E., Burgin J., Buzan E., Cariani A., Casadei N., Chiara M., Chozas S., Čiampor F., Crottini A., Cruaud C., Cruz F., Dalen L., De Biase A., Del Campo J., Delic T., Dennis A.B., Derks MFL, Diroma M.A., Djan M., Duprat S., Eleftheriadi K., Feulner PGD, Flot J.F., Forni G., Fosso B., Fournier P., Fournier-Chambrillon C., Gabaldon T., Garg S., Gissi C., Giupponi L., Gomez-Garrido J., González J., Grilo M.L., Grüning B., Guerin T., Guiglielmoni N., Gut M., Haesler M.P., Hahn C., Halpern B., Harrison P.W., Heintz J., Hindrikson M., Höglund J., Howe K., Hughes G.M., Istace B., Cock M.J., Janžekovič F., Jonsson Z.O., Joye-Dind S., Koskimäki J.J., Krystufek B., Kubacka J., Kuhl H., Kusza S., Labadie K., Lähteenaro M., Lantz H., Lavrinienko A., Leclère L., Lopes R.J., Madsen O., Magdelenat G., Magoga G., Manousaki T., Mappes T., Marques J.P., Redondo GIM, Maumus F., McCarthy S.A., Megens H.J., Melo-Ferreira J., Mendes S.L., Montagna M., Moreno J., Mosbech M.B., Moura M., Musilova Z., Myers E., Nash W.J., Nater A., Nicholson P., Niell M., Nijland R., Noel B., Noren K., Oliveira P.H., Olsen R.A., Ometto L., Oomen R.A., Ossowski S., Palinauskas V., Palsson S., Panibe J.P., Pauperio J., Pavlek M., Payen E., Pawlowska J., Pellicer J., Pesole G., Pimenta J., Pippel M., Pirttilä A.M., Poulakakis N., Rajan J., M C Rego R., Resendes R., Resl P., Riesgo A., Rodin-Morch P., Soares AER, Fernandes C.R., Romeiras M.M., Roxo G., Rüber L., Ruiz-Lopez M.J., Saarma U., da Silva L.P., Sim-Sim M., Soler L., Sousa V.C., Santos C.S., Spada A., Stefanovic M., Steger V., Stiller J., Stöck M., Struck T.H., Sudasinghe H., Tapanainen R., Tellgren-Roth C., Trindade H., Tukalenko Y., Urso I., Vacherie B., Van Belleghem S.M., Van Oers K., Vargas-Chavez C., Velickovic N., Vella N., Vella A., Vernesi C., Vicente S., Villa S., Pettersson O.V., Volckaert FAM, Voros J., Wincker P., Winkler S., Ciofi C., Waterhouse R.M., Mazzoni C.J.
ISSN
2731-4243 (Electronic)
ISSN-L
2731-4243
Publication state
Published
Issued date
17/09/2024
Peer-reviewed
Oui
Volume
3
Number
1
Pages
28
Language
english
Notes
Publication types: Journal Article
Publication Status: epublish
Abstract
A genomic database of all Earth's eukaryotic species could contribute to many scientific discoveries; however, only a tiny fraction of species have genomic information available. In 2018, scientists across the world united under the Earth BioGenome Project (EBP), aiming to produce a database of high-quality reference genomes containing all ~1.5 million recognized eukaryotic species. As the European node of the EBP, the European Reference Genome Atlas (ERGA) sought to implement a new decentralised, equitable and inclusive model for producing reference genomes. For this, ERGA launched a Pilot Project establishing the first distributed reference genome production infrastructure and testing it on 98 eukaryotic species from 33 European countries. Here we outline the infrastructure and explore its effectiveness for scaling high-quality reference genome production, whilst considering equity and inclusion. The outcomes and lessons learned provide a solid foundation for ERGA while offering key learnings to other transnational, national genomic resource projects and the EBP.
OAI-PMH
oai:serval.unil.ch:BIB_0540FD88F706
DOI
10.1038/s44185-024-00054-6
Pubmed
39289538
Open Access
Yes
Create date
20/09/2024 10:23
Last modification date
20/09/2024 12:30
Usage data