Der pharmazeutische Dienst der Armeeapotheke hat zur Aufgabe, die Armee mit Sanitätsmaterial und Medikamenten zu versorgen, die sanitätsdienstlichen Anlagen zu unterhalten (Militärspitäler) und die medizintechnischen Geräte zu warten. In Krisensituationen gewährleistet die Armeeapotheke die Versorgung der Schweiz mit wichtigen Arzneimitteln. Dazu gehört auch die Möglichkeit, eigenständig eine pharmazeutische Produktion zu betreiben.