SlimCodeML: An Optimized Version of CodeML for the Branch-Site Model

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Etat: Public
Version: de l'auteur
ID Serval
serval:BIB_5F7B13551FF8
Type
Actes de conférence (partie): contribution originale à la littérature scientifique, publiée à l'occasion de conférences scientifiques, dans un ouvrage de compte-rendu (proceedings), ou dans l'édition spéciale d'un journal reconnu (conference proceedings).
Collection
Publications
Institution
Titre
SlimCodeML: An Optimized Version of CodeML for the Branch-Site Model
Titre de la conférence
HiCOMB (11th IEEE International Workshop on High Performance Computational Biology)
Auteur(s)
Schabauer H., Valle M., Pacher C., Stockinger H., Stamatakis A., Robinson-Rechavi M., Yang Z., Salamin N.
Editeur
IEEE
ISBN
978-0-7695-4676-6/12
Statut éditorial
Publié
Date de publication
2012
Peer-reviewed
Oui
Editeur scientifique
Aluru S., Bader D.A.
Pages
700-708
Langue
anglais
Résumé
CodeML (part of the PAML package) im- plements a maximum likelihood-based approach to de- tect positive selection on a specific branch of a given phylogenetic tree. While CodeML is widely used, it is very compute-intensive. We present SlimCodeML, an optimized version of CodeML for the branch-site model. Our performance analysis shows that SlimCodeML substantially outperforms CodeML (up to 9.38 times faster), especially for large-scale genomic analyses.
Mots-clé
computing, molecular evolution, phylogenetics, codon models, likelihood computation
Open Access
Oui
Création de la notice
03/02/2012 9:50
Dernière modification de la notice
20/08/2019 15:17
Données d'usage