Les récits portant sur la construction de la perte de biodiversité comme un problème public ont jusqu’à présent porté sur la biodiversité animale ou végétale, laissant dans l’ombre celle des microorganismes. Dans cet article, je propose de rendre compte de la façon dont une perte de biodiversité microbienne a émergé au milieu des années 1970 comme problème professionnel dans le milieu laitier. Je m’appuierai pour cela sur la notion de régime de sélection, qui permet d’analyser l’évolution des modes d’accès et de gestion de la diversité des ressources agricoles. Une analyse de la littérature me permettra tout d’abord de distinguer deux régimes de sélection, que je nommerai environnemental et moderniste. Je montrerai ensuite comment la perte de biodiversité microbienne qui a émergé au milieu des années 1970 dans le milieu laitier a contribué à faire apparaître un nouveau régime de sélection, que je nommerai territorial. Je montrerai enfin que ces différents régimes coexistent aujourd’hui de manière très asymétrique.