Depuis le début des années quatre-vingt-dix, le modèle classique de l'université est fortement remis en question: pénétration accrue des acteurs privés, attentes de la société civile, contractualisation et «horizontalisation» des relations, etc. L'université bouge et doit s'adapter à un environnement en mutation. En Suisse, les projets de coopération inter universités semblent être une des réponses privilégiées par les acteurs dominants du système pour faire face à ces changements. Toutefois, la mise en place de nouveaux arrangements institutionnels notamment sous la forme de réseaux d'enseignement et de recherche ne va pas sans soulever de nombreuses interrogations. Premièrement, et notamment du fait de bases légales peu développées, les collaborations institutionnalisées n'ont pas toutes la même configuration. Nous devons donc nous questionner sur les formes concrètes prises par ces réseaux d'enseignement et de recherche et sur les raisons qui ont conduit à l'adoption d'un type particulier de structure de coopération. Ensuite, comme ces structures ne viennent pas remplacer, mais plutôt se superposer à celles préexistantes, il convient de comprendre la redistribution du pouvoir au sein de formes institutionnelles complexes. Plus précisément, l'analyse de la nouvelle répartition des compétences entre les institutions hiérarchiques (les universités) et les coopérations (réseaux) en particulier sous l'angle de l'autonomie dont ces dernières disposent, se révèle être un angle d'approche fructueux. Finalement, la question de l'évaluation de ces nouvelles formes de gouvernance va se poser. Outre les formes prises par ces structures, une discussion doit être menée autour des limites démocratiques de cette nouvelle forme du secteur public.
Ce working paper présente dans un premier temps quelques facteurs qui ont contraints les universités à une remise en cause de leurs structures de gouvernance. Il introduit ensuite quelques éléments théoriques faisant référence aux théories portant sur les réseaux et plus particulièrement à l'approche institutionnelle de ceux-ci. La troisième partie de ce papier présente brièvement les structures de gouvernance du système universitaire helvétique ainsi que les récentes pressions au changement ayant favorisé la mise en place de ces réseaux. Finalement, la quatrième partie étudie, au travers de six cas de coopérations inter-universitaires suisses, la forme prise par ces réseaux, essentiellement sous l'angle de leur degré d'autonomie.