Comprehensive, Integrative Genomic Analysis of Diffuse Lower-Grade Gliomas.

Détails

Demande d'une copieDemande d'une copie
ID Serval
serval:BIB_D6ABEBF8159B
Type
Article: article d'un périodique ou d'un magazine.
Collection
Publications
Institution
UNIL/CHUV
Titre
Comprehensive, Integrative Genomic Analysis of Diffuse Lower-Grade Gliomas.
Périodique
The New England journal of medicine
Auteur⸱e⸱s
Brat D.J., Verhaak R.G., Aldape K.D., Yung W.K., Salama S.R., Cooper L.A., Rheinbay E., Miller C.R., Vitucci M., Morozova O., Robertson A.G., Noushmehr H., Laird P.W., Cherniack A.D., Akbani R., Huse J.T., Ciriello G., Poisson L.M., Barnholtz-Sloan J.S., Berger M.S., Brennan C., Colen R.R., Colman H., Flanders A.E., Giannini C., Grifford M., Iavarone A., Jain R., Joseph I., Kim J., Kasaian K., Mikkelsen T., Murray B.A., O'Neill B.P., Pachter L., Parsons D.W., Sougnez C., Sulman E.P., Vandenberg S.R., Van Meir E.G., von Deimling A., Zhang H., Crain D., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton T., Sherman M., Yena P., Black A., Bowen J., Dicostanzo K., Gastier-Foster J., Leraas K.M., Lichtenberg T.M., Pierson C.R., Ramirez N.C., Taylor C., Weaver S., Wise L., Zmuda E., Davidsen T., Demchok J.A., Eley G., Ferguson M.L., Hutter C.M., Mills Shaw K.R., Ozenberger B.A., Sheth M., Sofia H.J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J.C., Ayala B., Baboud J., Chudamani S., Jensen M.A., Liu J., Pihl T., Raman R., Wan Y., Wu Y., Ally A., Auman J.T., Balasundaram M., Balu S., Baylin S.B., Beroukhim R., Bootwalla M.S., Bowlby R., Bristow C.A., Brooks D., Butterfield Y., Carlsen R., Carter S., Chin L., Chu A., Chuah E., Cibulskis K., Clarke A., Coetzee S.G., Dhalla N., Fennell T., Fisher S., Gabriel S., Getz G., Gibbs R., Guin R., Hadjipanayis A., Hayes D.N., Hinoue T., Hoadley K., Holt R.A., Hoyle A.P., Jefferys S.R., Jones S., Jones C.D., Kucherlapati R., Lai P.H., Lander E., Lee S., Lichtenstein L., Ma Y., Maglinte D.T., Mahadeshwar H.S., Marra M.A., Mayo M., Meng S., Meyerson M.L., Mieczkowski P.A., Moore R.A., Mose L.E., Mungall A.J., Pantazi A., Parfenov M., Park P.J., Parker J.S., Perou C.M., Protopopov A., Ren X., Roach J., Sabedot T.S., Schein J., Schumacher S.E., Seidman J.G., Seth S., Shen H., Simons J.V., Sipahimalani P., Soloway M.G., Song X., Sun H., Tabak B., Tam A., Tan D., Tang J., Thiessen N., Triche T., Van Den Berg D.J., Veluvolu U., Waring S., Weisenberger D.J., Wilkerson M.D., Wong T., Wu J., Xi L., Xu A.W., Yang L., Zack T.I., Zhang J., Aksoy B.A., Arachchi H., Benz C., Bernard B., Carlin D., Cho J., DiCara D., Frazer S., Fuller G.N., Gao J., Gehlenborg N., Haussler D., Heiman D.I., Iype L., Jacobsen A., Ju Z., Katzman S., Kim H., Knijnenburg T., Kreisberg R.B., Lawrence M.S., Lee W., Leinonen K., Lin P., Ling S., Liu W., Liu Y., Liu Y., Lu Y., Mills G., Ng S., Noble M.S., Paull E., Rao A., Reynolds S., Saksena G., Sanborn Z., Sander C., Schultz N., Senbabaoglu Y., Shen R., Shmulevich I., Sinha R., Stuart J., Sumer S.O., Sun Y., Tasman N., Taylor B.S., Voet D., Weinhold N., Weinstein J.N., Yang D., Yoshihara K., Zheng S., Zhang W., Zou L., Abel T., Sadeghi S., Cohen M.L., Eschbacher J., Hattab E.M., Raghunathan A., Schniederjan M.J., Aziz D., Barnett G., Barrett W., Bigner D.D., Boice L., Brewer C., Calatozzolo C., Campos B., Carlotti C.G., Chan T.A., Cuppini L., Curley E., Cuzzubbo S., Devine K., DiMeco F., Duell R., Elder J.B., Fehrenbach A., Finocchiaro G., Friedman W., Fulop J., Gardner J., Hermes B., Herold-Mende C., Jungk C., Kendler A., Lehman N.L., Lipp E., Liu O., Mandt R., McGraw M., Mclendon R., McPherson C., Neder L., Nguyen P., Noss A., Nunziata R., Ostrom Q.T., Palmer C., Perin A., Pollo B., Potapov A., Potapova O., Rathmell W.K., Rotin D., Scarpace L., Schilero C., Senecal K., Shimmel K., Shurkhay V., Sifri S., Singh R., Sloan A.E., Smolenski K., Staugaitis S.M., Steele R., Thorne L., Tirapelli D.P., Unterberg A., Vallurupalli M., Wang Y., Warnick R., Williams F., Wolinsky Y., Bell S., Rosenberg M., Stewart C., Huang F., Grimsby J.L., Radenbaugh A.J., Zhang J.
Collaborateur⸱rice⸱s
Cancer Genome Atlas Research Network
Contributeur⸱rice⸱s
Brat D.J., Verhaak R.G., Salama S.R., Cooper L., Aldape K.D., Yung W.K., Akbani R., Barnholtz-Sloan J.S., Berger M.S., Brennan C., Bristow C.A., Cherniack A.D., Ciriello G., Colen R., Colman H., Flanders A.E., Giannini C., Grifford M., Huse J.T., Iavarone A., Jain R., Joseph I., Kim J., Kasaian K., Laird P.W., Mikkelsen T., Miller C., Morozova O., Murray B.A., Noushmehr H., O'Neill B.P., Pachter L., Parsons D.W., Poisson L.M., Rheinbay E., Robertson A., Sougnez C., Sulman E.P., Vandenberg S.R., Van Meir E.G., Vitucci M., von Deimling A., Yoshihara K., Zhang H., Zheng S., Crain D., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton T., Sherman M., Yena P., Black A., Bowen J., Dicostanzo K., Gastier-Foster J., Leraas K.M., Lichtenberg T.M., Pierson C.R., Ramirez N.C., Taylor C., Weaver S., Wise L., Zmuda E., Davidsen T., Demchok J.A., Eley G., Ferguson M.L., Hutter C.M., Mills Shaw K.R., Ozenberger B.A., Sheth M., Sofia H.J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J.C., Ayala B., Baboud J., Chudamani S., Jensen M.A., Liu J., Pihl T., Raman R., Wan Y., Wu Y., Ally A., Auman J.T., Balasundaram M., Balu S., Baylin S.B., Beroukhim R., Bootwalla M.S., Bowlby R., Bristow C.A., Brooks D., Butterfield Y., Carlsen R., Carter S., Cherniack A.D., Chin L., Chu A., Chuah E., Cibulskis K., Clarke A., Coetzee S.G., Dhalla N., Fennell T., Fisher S., Gabriel S., Getz G., Gibbs R., Grimsby J.L., Guin R., Hadjipanayis A., Hayes D., Hinoue T., Hoadley K., Holt R.A., Hoyle A.P., Huang F., Jefferys S.R., Jones S., Jones C.D., Kasaian K., Kucherlapati R., Lai P.H., Laird P.W., Lander E., Lee S., Lichtenstein L., Ma Y., Maglinte D.T., Mahadeshwar H.S., Marra M.A., Mayo M., Meng S., Meyerson M.L., Mieczkowski P.A., Moore R.A., Mose L.E., Mungall A.J., Murray B.A., Noushmehr H., Pantazi A., Parfenov M., Park P.J., Parker J.S., Perou C.M., Protopopov A., Ren X., Rheinbay E., Roach J., Robertson A., Rosenberg M., Sabedot T.S., Sadeghi S., Schein J., Schumacher S.E., Seidman J.G., Seth S., Shen H., Simons J.V., Sipahimalani P., Soloway M.G., Song X., Sougnez C., Stewart C., Sun H., Tabak B., Tam A., Tan D., Tang J., Thiessen N., Triche T., Van Den Berg D.J., Veluvolu U., Waring S., Weisenberger D.J., Wilkerson M.D., Wong T., Wu J., Xi L., Xu A.W., Yang L., Zack T.I., Zhang J., Aksoy B., Arachchi H., Benz C., Bernard B., Carlin D., Chin L., Cho J., DiCara D., Frazer S., Fuller G.N., Gao J., Gehlenborg N., Getz G., Haussler D., Heiman D.I., Iype L., Jacobsen A., Ju Z., Katzman S., Kim J., Kim H., Knijnenburg T., Kreisberg R.B., Lawrence M.S., Lee W., Leinonen K., Lin P., Ling S., Liu W., Liu Y., Liu Y., Lu Y., Mills G., Ng S., Noble M.S., Paull E., Radenbaugh A.J., Rao A., Reynolds S., Saksena G., Sanborn Z., Sander C., Schultz N., Senbabaoglu Y., Shen R., Shmulevich I., Sinha R., Stuart J., Sumer S., Sun Y., Tasman N., Taylor B.S., Verhaak R.G., Voet D., Weinhold N., Weinstein J.N., Yang D., Yoshihara K., Zhang H., Zhang W., Zheng S., Zou L., Abel T., Brat D.J., Cohen M.L., Eschbacher J., Giannini C., Hattab E.M., Pierson C.R., Raghunathan A., Schniederjan M.J., Aziz D., Barnett G., Barnholtz-Sloan J.S., Barrett W., Bigner D.D., Boice L., Brewer C., Calatozzolo C., Carlotti C.G., Chan T.A., Cuppini L., Curley E., Cuzzubbo S., Devine K., DiMeco F., Duell R., Elder J.B., Fehrenbach A., Finocchiaro G., Friedman W., Fulop J., Gardner J., Hermes B., Kendler A., Lehman N.L., Lipp E., Liu O., Mandt R., McGraw M., McLendon R., McPherson C., Neder L., Nguyen P., Noss A., Nunziata R., O'Neill B.P., Ostrom Q.T., Palmer C., Perin A., Pollo B., Potapov A., Potapova O., Rathmell W., Rotin D., Scarpace L., Schilero C., Senecal K., Shimmel K., Shurkhay V., Sifri S., Singh R., Sloan A.E., Smolenski K., Staugaitis S.M., Steele R., Thorne L., Tirapelli D.P., Vallurupalli M., Wang Y., Warnick R., Williams F., Wolinsky Y., Zhang J., Bell S., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A.
ISSN
1533-4406 (Electronic)
ISSN-L
0028-4793
Statut éditorial
Publié
Date de publication
25/06/2015
Peer-reviewed
Oui
Volume
372
Numéro
26
Pages
2481-2498
Langue
anglais
Notes
Publication types: Journal Article ; Research Support, N.I.H., Extramural
Publication Status: ppublish
Résumé
Diffuse low-grade and intermediate-grade gliomas (which together make up the lower-grade gliomas, World Health Organization grades II and III) have highly variable clinical behavior that is not adequately predicted on the basis of histologic class. Some are indolent; others quickly progress to glioblastoma. The uncertainty is compounded by interobserver variability in histologic diagnosis. Mutations in IDH, TP53, and ATRX and codeletion of chromosome arms 1p and 19q (1p/19q codeletion) have been implicated as clinically relevant markers of lower-grade gliomas.
We performed genomewide analyses of 293 lower-grade gliomas from adults, incorporating exome sequence, DNA copy number, DNA methylation, messenger RNA expression, microRNA expression, and targeted protein expression. These data were integrated and tested for correlation with clinical outcomes.
Unsupervised clustering of mutations and data from RNA, DNA-copy-number, and DNA-methylation platforms uncovered concordant classification of three robust, nonoverlapping, prognostically significant subtypes of lower-grade glioma that were captured more accurately by IDH, 1p/19q, and TP53 status than by histologic class. Patients who had lower-grade gliomas with an IDH mutation and 1p/19q codeletion had the most favorable clinical outcomes. Their gliomas harbored mutations in CIC, FUBP1, NOTCH1, and the TERT promoter. Nearly all lower-grade gliomas with IDH mutations and no 1p/19q codeletion had mutations in TP53 (94%) and ATRX inactivation (86%). The large majority of lower-grade gliomas without an IDH mutation had genomic aberrations and clinical behavior strikingly similar to those found in primary glioblastoma.
The integration of genomewide data from multiple platforms delineated three molecular classes of lower-grade gliomas that were more concordant with IDH, 1p/19q, and TP53 status than with histologic class. Lower-grade gliomas with an IDH mutation either had 1p/19q codeletion or carried a TP53 mutation. Most lower-grade gliomas without an IDH mutation were molecularly and clinically similar to glioblastoma. (Funded by the National Institutes of Health.).
Mots-clé
Adolescent, Adult, Aged, Chromosomes, Human, Pair 1, Chromosomes, Human, Pair 19, Cluster Analysis, DNA, Neoplasm/analysis, Female, Genes, p53, Glioblastoma/genetics, Glioma/genetics, Glioma/metabolism, Glioma/mortality, Humans, Kaplan-Meier Estimate, Male, Middle Aged, Mutation, Neoplasm Grading, Proportional Hazards Models, Sequence Analysis, DNA, Signal Transduction
OAI-PMH
oai:serval.unil.ch:BIB_D6ABEBF8159B
DOI
10.1056/NEJMoa1402121
Pubmed
26061751
Web of science
000356788200005
Création de la notice
06/07/2018 12:02
Dernière modification de la notice
20/01/2021 7:26
Données d'usage