Protein-coding genes evolve at différent rates. Many déterminants that influence evolutionary rate have been described previously in literature. In the first part of this work I present an analysis of ten déterminants in two species with partial corrélation. The results show that non of the analyzed déterminants explain completely or even strongly the changes in evolutionary rate. Most of them contribute to the changes, but the remaining variance is still large. Also this work shows how it is important to avoid spurious corrélations.
In a second part, this work focuses on tissue-specificity. First a benchmark was created to define the best method to calculate tissue-specificity. It is a very often used as a parameter for gene expression, yet the studies cannot be compared if very différent methods are used under the same name. Some methods turned out to be not reliable at ail, that could lead to wrong conclusions when used. Then I used tissue-specificity to asses the "ortholog conjecture". Tissue-specificity was used as estimate to access functional difference/similarity between orthologs and within-species paralogs. Tissue-specificity provides a strong support for ortholog conjecture, showing that orthologs are more similar then paralogs on ail levels of divergence time.
This work contributes to two big questions: what influence évolution of protein-coding genes and testing the ortholog conjecture.
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Les gènes qui codent les protéines évoluent à des vitesses différentes. Plusieurs déterminants qui influencent la vitesse d'évolution ont déjà été décrits dans de littérature précédente. Dans ce travail, je présente une analyse de 10 déterminants sur deux espèces ayant des corrélations partielles. Les résultats montrent qu'aucune analyse des déterminants explique complètement ou même fortement le changement dans la vitesse d'évolution. La plupart d'entre eux contribuent aux changements, mais le reste de la variance reste grand. Ce travail démontre également comme il est important d'éviter les corrélations trompeuses. Dans la seconde partie, ce travail s'oriente vers la tissus-spécificité. Ce paramètre est très souvent utilisé pour l'expression des gènes, pourtant les recherches ne peuvent pas être comparées si les différentes méthodes sont utilisées sous un même nom. Certaines méthodes se sont révélées ne pas être du tout fiables, ce qui amène à des conclusions erronées si utilisées. Ensuite, j'ai utilisé la tissus-spécificité pour évaluer « la conjecture orthologue ». La tissus-spécificité a été utilisée pour estimer les différences ou les similitudes fonctionnelles entre les paralogues et les orthologues. La tissus-spécificité apporte un appui solide pour la conjecture othologue, elle démontre que les orthologues sont plus similaires que les paralogues à tous les niveaux de divergence temporelle.
Ce travail contribue à deux grandes questions : Qu'est-ce qui influence le gène qui code les protéines et évaluer la conjecture orthologue.