L'exposition aux endotoxines peut présenter des effets bénéfiques sur la santé. En effet, plusieurs études démontrent leur importance dans la théorie hygiéniste ainsi que leur effet négatif sur la croissance de certaines tumeurs. Toutefois, dans divers secteurs professionnels, l'environnement de travail favorise la présence d'endotoxines aéroportées et peut exposer le personnel à des risques sanitaires. C'est le cas des animaleries, dans lesquelles les bactéries gram négatives présentes dans les excréments d'animaux favorisent des concentrations élevées d'endotoxines.
Associées à la présence d'allergènes, les endotoxines peuvent avoir un effet important sur la santé des travailleurs lors d'exposition de courte ou de longue durée.
Dans ce contexte, il paraît important de mesurer les concentrations d'endotoxines et d'allergènes pour permettre d'évaluer les risques d'une telle exposition professionnelle.