A la suite des Journées de la biodiversité qui ont eu lieu en juin 2015, les différents documents, articles et bases de données concernant la flore du Bois de Chênes ont été réunis dans le but de dresser une liste aussi complète que possible des espèces et milieux naturels. Actuellement, 591 taxons sont connus sur les 2,13 km2 protégés, 482 ayant été observés durant les Journées de la biodiversité, dont 159 mentionnés pour la première fois et 36 autres confirmés après plus de 20 ans sans observation. Trente-sept espèces connues au Bois de Chênes sont considérées comme menacées en Suisse (CR, EN ou VU selon la Liste rouge). La surface abrite également 21 types de milieux naturels, plusieurs se déclinant en 2-3 associations. Douze milieux sont considérés comme menacés en Suisse selon la Liste rouge, la végétation ségétale (Caucalidion), les prairies à molinie (Molinion) et l’aulnaie noire (Alnion glutinosae) étant les plus intéressants. Malgré sa petite taille, le Bois de Chênes conserve une biodiversité floristique importante, comportant beaucoup de milieux et d'espèces devenus rares sur le Plateau. La poursuite des mesures de conservation mises en place, en particulier pour les marais, prairies maigres et adventices de cultures, est donc essentielle pour le maintien de cette richesse.