La Mythologie est la dernière partie de l’Anthropologie ou Science générale de l’homme de Chavannes, et aussi la seule qui n’est pas traitée dans la version abrégée de 1788. Elle s’intéresse aux origines du sentiment religieux chez les hommes et plus particulièrement au passage du monothéisme au polythéisme chez les Grecs. Dans le premier chapitre, Chavannes démontre que tous les peuples ont connu un (mono)théisme primitif. Aux chapitres II à V, il identifie les « erreurs » qui ont poussé certains peuples à « tomber » dans le polythéisme. Les chapitres suivants sont consacrés à la discussion de divers systèmes qui peuvent expliquer les mythes et les fables. Chavannes discute premièrement du système des mythologues historiens (Fourmont, Bochart, Banier) qui conçoivent les fables comme des histoires vraies. Deuxièmement, il discute du système de Frérét et De la Barre qui suggèrent que les dieux ont été imaginés par les hommes, que la première religion en Grèce a été le polythéisme, que les dieux grecs sont d’origine égyptienne et phénicienne, et qu’Hérodote est une source d’autorité. Troisièmement, il discute le système de Méhégan, qui déclare que l’idolâtrie a commencé avant le Déluge, et de De Brosses qui affirme que la première religion a été le sabéisme, suivie par le fétichisme. Quatrièmement, Chavannes discute le système de Bergier qui identifie un monothéisme primitif en Grèce, et estime que la Théogonie d’Hésiode est une source d’autorité, et qu’il faut recourir aux étymologies pour comprendre l’origine des mots. La fin du volume est une application du système de Bergier à la Théogonie d’Hésiode.