La présente contribution propose l'étude d'un dispositif de financement par projet particulier : les projets de coopération et d'innovation. Cette étude vise à analyser la manière dont les contraintes propres à ce type d'instrument sont légitimées par la Confédération et appréhendées par les chercheurs-enseignants financés par cet instrument. L'analyse menée montre les difficultés rencontrées par la Confédération à modifier les institutions académiques, malgré une plus grande légitimité acquise ces dernières années à intervenir dans ce domaine d'action publique.