Les modifications hormonales de la femme influencent fréquemment l'évolution de la migraine. La prépondérance féminine de la migraine apparaît à la puberté. Près de 60% des femmes souffrent de crises migraineuses durant les règles. Pour moins de 10% des femmes, la migraine survient même exclusivement pendant la menstruation (migraine menstruelle vraie). Durant la grossesse, la migraine s'améliore ou disparaît chez 60 à 70% des femmes, particulièrement durant les 2 et 3 trimestres. Les contraceptifs oraux peuvent améliorer ou, au contraire, aggraver la migraine. Il n'y a pas de contre-indication à prescrire des contraceptifs oraux contenant des oestrogènes en l'absence de facteur de risque vasculaire ou d'aura migraineuse. Le risque relatif d'infarctus cérébral est cependant augmenté chez les migraineuses de moins de 45 ans qui prennent des contraceptifs oraux et qui ont des facteurs de risque difficilement contrôlables.