L'Académie de Lausanne est la première école supérieure protestante implantée en territoire francophone. Lausanne constitue ainsi, dès les années 1540, un pôle de première importance dans le monde réformé. De nombreux savants protestants, attirés par la liberté de pratiquer leur foi et par la présence de l'Académie, s'établissent dans cette ville et des étudiants affluent de toute l'Europe.
Les structures de l'Académie de Lausanne et son programme d'enseignement, fixés par un règlement daté de 1547, condensent sous une forme nouvelle les réflexions pédagogiques de la Renaissance. Ils constituent un modèle, direct ou indirect, pour toutes les Académies calvinistes fondées aux XVIème et XVIIème siècles, que ce soit à Genève, en France, en Allemagne, aux Pays-Bas, en Écosse, en Pologne ou encore aux États-Unis, dont les trois premiers Colleges, Harvard, William and Mary et Yale, se situent dans la même tradition.
Malgré la place fondamentale qu'occupe l'Académie de Lausanne dans l'histoire de l'éducation protestante, la phase de création et de développement de cette institution était encore très mal connue. Cette thèse comble cette lacune de l'historiographie par la mise au jour et par l'analyse de nombreux documents, en grande partie inédits. Elle détruit bon nombre de préjugés entourant la mise en place et les buts de l'Académie de Lausanne à ses débuts. Ainsi, l'Académie de Lausanne n'est pas uniquement une école de pasteurs, comme il a souvent été affirmé jusqu'à ce jour, mais plus largement une institution offrant une formation d'un niveau très élevé dans les trois langues anciennes, (latin, grec et hébreu), en arts libéraux, en philosophie naturelle et morale, et en théologie. Au milieu du XVIème siècle, l'Académie lausannoise est capable de rivaliser avec les meilleures institutions pédagogiques de la Renaissance et d'attirer, dans un rayon très large, non seulement des étudiants qui se destinent au pastorat, mais aussi ceux qui sont formés pour gouverner leurs cités.
Plus généralement, cette thèse, qui combine des approches d'histoire intellectuelle, d'histoire politique et d'histoire sociale, reconstitue et analyse les structures de l'Académie de Lausanne jusqu'à 1560, ainsi que ses fonctions éducatives, confessionnelles et politiques.