Le développement de souches bactériennes résistantes à plusieurs antibiotiques lors de diarrhées des voyageurs devient un problème préoccupant. Les fluoroquinolones demeurent l'antibiotique de premier choix lorsqu'un traitement empirique doit être introduit et dans les situations où une chimioprophylaxie est recommandée. Dans les pays industrialisés, l'incidence des diarrhées chroniques chez les patients VIH+ a massivement diminué, par l'effet des thérapies antirétrovirales plus efficaces. Les associations antirétrovirales permettent en effet d'obtenir une guérison ou une rémission de longue durée lors de microsporidiose ou de cryptosporidiose. Le traitement anti-rétroviral représente donc un élément essentiel de la prise en charge des diarrhées chroniques chez ces patients.