Le traitement d'éradication de choix d'une infection à Helicobacter pylori reste l'association d'un inhibiteur de la pompe à protons (IPP) à deux antibiatiques (clarithromycine et amoxicilline), les trois médicaments étant donnés durant sept jours en deux doses journalières. Les inhibiteurs sélectifs de la COX-2 semblent entraîner moins d'effets indésirables digestifs que les AINS non sélectifs. L'oméprazole et le misoprestol ont prouvé leur efficacité dans la prophylaxie primaire des ulcères sur AINS. Dans la prophylaxie secondaire et dans le traitement des ulcères sur AINS, seul l'oméprazole est recommandé. Le rôle d'H. pylori dans les ulcères gastro-duodénaux sur AINS reste controversé.