Le deuxième volume de l’Anthropologie proprement dite s’articule autour de l’influence de l’environnement sur l’homme et de la genèse du langage, capacité qui le distingue des autres espèces. Chavannes analyse dans les deux premiers chapitres l’union entre le corps et l’âme et conclut en définissant l’homme comme un être mixte. Il étudie dans le chapitre III l’influence du tempérament sur les caractères propres de l’homme et sur son naturel intellectuel et moral. La suite du volume se construit autour d’un examen de la parole et du langage. Chavannes commence par décrire l’appareil vocal. Il poursuit avec la formation des sons, des radicaux primitifs et des mots. Ces aspects sont repris et développés dans les volumes Glossologie, Étymologie et Lexicologie. Il décrit ensuite le langage écrit. Il termine ce volume avec un chapitre consacré au langage primitif.