Si de nombreux travaux de recherche se consacrent à la gestion des conflits dans les équipes projets de développement d'une Technologie de l'Information (TI), cette littérature peine à prendre en compte la complexité des projets et leurs spécificités. Pour combler partiellement ce vide, nous proposons d'étudier l'issue d'un projet TI de développement d'un Espace Numérique de Travail (ENT) : le cas « Pupitre Virtuel ». L'analyse de ce cas longitudinal est réalisée à partir de l'élaboration d'un nouveau cadre conceptuel, confrontant les notions de conflit pour les gestionnaires de projet et de controverse pour les chercheurs du Centre de Sociologie de l'Innovation. Au total, cette communication offre deux apports majeurs : théorique et managérial. Le premier prolonge les travaux existants sur la gestion des conflits dans les équipes projets, en révélant l'intérêt de réconcilier des méthodes en termes de variance et de processus pour améliorer la compréhension de la réussite ou de l'échec des projets. Le second offre aux acteurs projets (chefs ou équipiers, privés ou publics), une nouvelle façon de concevoir le pilotage relationnel des projets.