Integrative annotation of variants from 1092 humans: application to cancer genomics.

Details

Serval ID
serval:BIB_CA4B463BFA65
Type
Article: article from journal or magazin.
Collection
Publications
Title
Integrative annotation of variants from 1092 humans: application to cancer genomics.
Journal
Science
Author(s)
Khurana E., Fu Y., Colonna V., Mu X.J., Kang H.M., Lappalainen T., Sboner A., Lochovsky L., Chen J., Harmanci A., Das J., Abyzov A., Balasubramanian S., Beal K., Chakravarty D., Challis D., Chen Y., Clarke D., Clarke L., Cunningham F., Evani U.S., Flicek P., Fragoza R., Garrison E., Gibbs R., Gümüş Z.H., Herrero J., Kitabayashi N., Kong Y., Lage K., Liluashvili V., Lipkin S.M., MacArthur D.G., Marth G., Muzny D., Pers T.H., Ritchie GRS, Rosenfeld J.A., Sisu C., Wei X., Wilson M., Xue Y., Yu F., Dermitzakis E.T., Yu H., Rubin M.A., Tyler-Smith C., Gerstein M.
Working group(s)
1000 Genomes Project Consortium
Contributor(s)
Altshuler D.M., Durbin R.M., Abecasis G.R., Bentley D.R., Chakravarti A., Clark A.G., Donnelly P., Eichler E.E., Flicek P., Gabriel S.B., Gibbs R.A., Green E.D., Hurles M.E., Knoppers B.M., Korbel J.O., Lander E.S., Lee C., Lehrach H., Mardis E.R., Marth G.T., McVean G.A., Nickerson D.A., Schmidt J.P., Sherry S.T., Wang J., Wilson R.K., Gibbs R.A., Dinh H., Kovar C., Lee S., Lewis L., Muzny D., Reid J., Wang M., Wang J., Fang X., Guo X., Jian M., Jiang H., Jin X., Li G., Li J., Li Y., Li Z., Liu X., Lu Y., Ma X., Su Z., Tai S., Tang M., Wang B., Wang G., Wu H., Wu R., Yin Y., Zhang W., Zhao J., Zhao M., Zheng X., Zhou Y., Lander E.S., Altshuler D.M., Gabriel S.B., Gupta N., Flicek P., Clarke L., Leinonen R., Smith R.E., Zheng-Bradley X., Bentley D.R., Grocock R., Humphray S., James T., Kingsbury Z., Lehrach H., Sudbrak R., Albrecht M.W., Amstislavskiy V.S., Borodina T.A., Lienhard M., Mertes F., Sultan M., Timmermann B., Yaspo M.L., Sherry S.T., McVean G.A., Mardis E.R., Wilson R.K., Fulton L., Fulton R., Weinstock G.M., Durbin R.M., Balasubramaniam S., Burton J., Danecek P., Keane T.M., Kolb-Kokocinski A., McCarthy S., Stalker J., Quail M., Schmidt J.P., Davies C.J., Gollub J., Webster T., Wong B., Zhan Y., Auton A., Gibbs R.A., Yu F., Bainbridge M., Challis D., Evani U.S., Lu J., Muzny D., Nagaswamy U., Reid J., Sabo A., Wang Y., Yu J., Wang J., Coin L.J., Fang L., Guo X., Jin X., Li G., Li Q., Li Y., Li Z., Lin H., Liu B., Luo R., Qin N., Shao H., Wang B., Xie Y., Ye C., Yu C., Zhang F., Zheng H., Zhu H., Marth G.T., Garrison E.P., Kural D., Lee W.P., Leong W.F., Ward A.N., Wu J., Zhang M., Lee C., Griffin L., Hsieh C.H., Mills R.E., Shi X., von Grotthuss M., Zhang C., Daly M.J., DePristo M.A., Altshuler D.M., Banks E., Bhatia G., Carneiro M.O., del Angel G., Gabriel S.B., Genovese G., Gupta N., Handsaker R.E., Hartl C., Lander E.S., McCarroll S.A., Nemesh J.C., Poplin R.E., Schaffner S.F., Shakir K., Yoon S.C., Lihm J., Makarov V., Jin H., Kim W., Kim K.C., Korbel J.O., Rausch T., Flicek P., Beal K., Clarke L., Cunningham F., Herrero J., McLaren W.M., Ritchie G.R., Smith R.E., Zheng-Bradley X., Clark A.G., Gottipati S., Keinan A., Rodriguez-Flores J.L., Sabeti P.C., Grossman S.R., Tabrizi S., Tariyal R., Cooper D.N., Ball E.V., Stenson P.D., Bentley D.R., Barnes B., Bauer M., Cheetham R., Cox T., Eberle M., Humphray S., Kahn S., Murray L., Peden J., Shaw R., Ye K., Batzer M.A., Konkel M.K., Walker J.A., MacArthur D.G., Lek M., Sudbrak R., Amstislavskiy V.S., Herwig R., Shriver M.D., Bustamante C.D., Byrnes J.K., De La Vega M., Gravel S., Kenny E.E., Kidd J.M., Lacroute P., Maples B.K., Moreno-Estrada A., Zakharia F., Halperin E., Baran Y., Craig D.W., Christoforides A., Homer N., Izatt T., Kurdoglu A.A., Sinari S.A., Squire K., Sherry S.T., Xiao C., Sebat J., Bafna V., Ye K., Burchard E.G., Hernandez R.D., Gignoux C.R., Haussler D., Katzman S.J., Kent W., Howie B., Ruiz-Linares A., Dermitzakis E.T., Lappalainen T., Devine S.E., Liu X., Maroo A., Tallon L.J., Rosenfeld J.A., Michelson L.P., Abecasis G.R., Kang H.M., Anderson P., Angius A., Bigham A., Blackwell T., Busonero F., Cucca F., Fuchsberger C., Jones C., Jun G., Li Y., Lyons R., Maschio A., Porcu E., Reinier F., Sanna S., Schlessinger D., Sidore C., Tan A., Trost M.K., Awadalla P., Hodgkinson A., Lunter G., McVean G.A., Marchini J.L., Myers S., Churchhouse C., Delaneau O., Gupta-Hinch A., Iqbal Z., Mathieson I., Rimmer A., Xifara D.K., Oleksyk T.K., Fu Y., Liu X., Xiong M., Jorde L., Witherspoon D., Xing J., Eichler E.E., Browning B.L., Alkan C., Hajirasouliha I., Hormozdiari F., Ko A., Sudmant P.H., Mardis E.R., Chen K., Chinwalla A., Ding L., Dooling D., Koboldt D.C., McLellan M.D., Wallis J.W., Wendl M.C., Zhang Q., Durbin R.M., Hurles M.E., Tyler-Smith C., Albers C.A., Ayub Q., Balasubramaniam S., Chen Y., Coffey A.J., Colonna V., Danecek P., Huang N., Jostins L., Keane T.M., Li H., McCarthy S., Scally A., Stalker J., Walter K., Xue Y., Zhang Y., Gerstein M.B., Abyzov A., Balasubramanian S., Chen J., Clarke D., Fu Y., Habegger L., Harmanci A.O., Jin M., Khurana E., Mu X.J., Sisu C., Li Y., Luo R., Zhu H., Lee C., Griffin L., Hsieh C.H., Mills R.E., Shi X., von Grotthuss M., Zhang C., Marth G.T., Garrison E.P., Kural D., Lee W.P., Ward A.N., Wu J., Zhang M., McCarroll S.A., Altshuler D.M., Banks E., del Angel G., Genovese G., Handsaker R.E., Hartl C., Nemesh J.C., Shakir K., Yoon S.C., Lihm J., Makarov V., Degenhardt J., Flicek P., Clarke L., Smith R.E., Zheng-Bradley X., Korbel J.O., Rausch T., Stütz A.M., Bentley D.R., Barnes B., Cheetham R., Eberle M., Humphray S., Kahn S., Murray L., Shaw R., Ye K., Batzer M.A., Konkel M.K., Walker J.A., Lacroute P., Craig D.W., Homer N., Church D., Xiao C., Sebat J., Bafna V., Michaelson J.J., Ye K., Devine S.E., Liu X., Maroo A., Tallon L.J., Lunter G., McVean G.A., Iqbal Z., Witherspoon D., Xing J., Eichler E.E., Alkan C., Hajirasouliha I., Hormozdiari F., Ko A., Sudmant P.H., Chen K., Chinwalla A., Ding L., McLellan M.D., Wallis J.W., Hurles M.E., Blackburne B., Li H., Lindsay S.J., Ning Z., Scally A., Walter K., Zhang Y., Gerstein M.B., Abyzov A., Chen J., Clarke D., Khurana E., Mu X.J., Sisu C., Gibbs R.A., Yu F., Bainbridge M., Challis D., Evani U.S., Kovar C., Lewis L., Lu J., Muzny D., Nagaswamy U., Reid J., Sabo A., Yu J., Guo X., Li Y., Wu R., Marth G.T., Garrison E.P., Leong W.F., Ward A.N., del Angel G., DePristo M.A., Gabriel S.B., Gupta N., Hartl C., Poplin R.E., Clark A.G., Rodriguez-Flores J.L., Flicek P., Clarke L., Smith R.E., Zheng-Bradley X., MacArthur D.G., Bustamante C.D., Gravel S., Craig D.W., Christoforides A., Homer N., Izatt T., Sherry S.T., Xiao C., Dermitzakis E.T., Abecasis G.R., Kang H.M., McVean G.A., Mardis E.R., Dooling D., Fulton L., Fulton R., Koboldt D.C., Durbin R.M., Balasubramaniam S., Keane T.M., McCarthy S., Stalker J., Gerstein M.B., Balasubramanian S., Habegger L., Garrison E.P., Gibbs R.A., Bainbridge M., Muzny D., Yu F., Yu J., del Angel G., Handsaker R.E., Makarov V., Rodriguez-Flores J.L., Jin H., Kim W., Kim K.C., Flicek P., Beal K., Clarke L., Cunningham F., Herrero J., McLaren W.M., Ritchie G.R., Zheng-Bradley X., Tabrizi S., MacArthur D.G., Lek M., Bustamante C.D., De La Vega F.M., Craig D.W., Kurdoglu A.A., Lappalainen T., Rosenfeld J.A., Michelson L.P., Awadalla P., Hodgkinson A., McVean G.A., Chen K., Tyler-Smith C., Chen Y., Colonna V., Frankish A., Harrow J., Xue Y., Gerstein M.B., Abyzov A., Balasubramanian S., Chen J., Clarke D., Fu Y., Harmanci A.O., Jin M., Khurana E., Mu X.J., Sisu C., Gibbs R.A., Kovar C., Kalra D., Hale W., Fowler G., Muzny D., Reid J., Wang J., Guo X., Li G., Li Y., Zheng X., Altshuler D.M., Flicek P., Clarke L., Barker J., Kelman G., Kulesha E., Leinonen R., McLaren W.M., Radhakrishnan R., Roa A., Smirnov D., Smith R.E., Streeter I., Toneva I., Vaughan B., Zheng-Bradley X., Bentley D.R., Cox T., Humphray S., Kahn S., Sudbrak R., Albrecht M.W., Lienhard M., Craig D.W., Izatt T., Kurdoglu A.A., Sherry S.T., Ananiev V., Belaia Z., Beloslyudtsev D., Bouk N., Chen C., Church D., Cohen R., Cook C., Garner J., Hefferon T., Kimelman M., Liu C., Lopez J., Meric P., O'Sullivan C., Ostapchuk Y., Phan L., Ponomarov S., Schneider V., Shekhtman E., Sirotkin K., Slotta D., Xiao C., Zhang H., Haussler D., Abecasis G.R., McVean G.A., Alkan C., Ko A., Dooling D., Durbin R.M., Balasubramaniam S., Keane T.M., McCarthy S., Stalker J., Chakravarti A., Knoppers B.M., Abecasis G.R., Barnes K.C., Beiswanger C., Burchard E., Bustamante C.D., Cai H., Cao H., Durbin R.M., Gharani N., Gibbs R.A., Gignoux C.R., Gravel S., Henn B., Jones D., Jorde L., Kaye J.S., Keinan A., Kent A., Kerasidou A., Li Y., Mathias R., McVean G., Moreno-Estrada A., Ossorio P.N., Parker M., Reich D., Rotimi C.N., Royal C.D., Sandoval K., Su Y., Sudbrak R., Tian Z., Timmermann B., Tishkoff S., Toji L.H., Tyler-Smith C., Via M., Wang Y., Yang H., Yang L., Zhu J., Bodmer W., Bedoya G., Ruiz-Linares A., Ming C.Z., Yang G., You C.J., Peltonen L., Garcia-Montero A., Orfao A., Dutil J., Martinez-Cruzado J.C., Oleksyk T.K., Brooks L.D., Felsenfeld A.L., McEwen J.E., Clemm N.C., Duncanson A., Dunn M., Green E.D., Guyer M.S., Peterson J.L., Abecasis G.R., Auton A., Brooks L.D., DePristo M.A., Durbin R.M., Handsaker R.E., Kang H.M., Marth G.T., McVean G.A.
ISSN
1095-9203 (Electronic)
ISSN-L
0036-8075
Publication state
Published
Issued date
04/10/2013
Peer-reviewed
Oui
Volume
342
Number
6154
Pages
1235587
Language
english
Notes
Publication types: Journal Article ; Research Support, N.I.H., Extramural ; Research Support, Non-U.S. Gov't
Publication Status: ppublish
Abstract
Interpreting variants, especially noncoding ones, in the increasing number of personal genomes is challenging. We used patterns of polymorphisms in functionally annotated regions in 1092 humans to identify deleterious variants; then we experimentally validated candidates. We analyzed both coding and noncoding regions, with the former corroborating the latter. We found regions particularly sensitive to mutations ("ultrasensitive") and variants that are disruptive because of mechanistic effects on transcription-factor binding (that is, "motif-breakers"). We also found variants in regions with higher network centrality tend to be deleterious. Insertions and deletions followed a similar pattern to single-nucleotide variants, with some notable exceptions (e.g., certain deletions and enhancers). On the basis of these patterns, we developed a computational tool (FunSeq), whose application to ~90 cancer genomes reveals nearly a hundred candidate noncoding drivers.
Keywords
Binding Sites/genetics, Genetic Variation, Genome, Human, Genomics, Humans, Kruppel-Like Transcription Factors/metabolism, Molecular Sequence Annotation/methods, Mutation, Neoplasms/genetics, Polymorphism, Single Nucleotide, Population/genetics, RNA, Untranslated/genetics, Selection, Genetic
Pubmed
Web of science
Create date
18/01/2021 22:41
Last modification date
19/01/2021 7:26
Usage data