A saturated map of common genetic variants associated with human height.

Details

Ressource 1Download: 11920_2022_Article_1379.pdf (823.36 [Ko])
State: Public
Version: Final published version
License: CC BY 4.0
Serval ID
serval:BIB_B1664EA45797
Type
Article: article from journal or magazin.
Collection
Publications
Institution
Title
A saturated map of common genetic variants associated with human height.
Journal
Nature
Author(s)
Yengo L., Vedantam S., Marouli E., Sidorenko J., Bartell E., Sakaue S., Graff M., Eliasen A.U., Jiang Y., Raghavan S., Miao J., Arias J.D., Graham S.E., Mukamel R.E., Spracklen C.N., Yin X., Chen S.H., Ferreira T., Highland H.H., Ji Y., Karaderi T., Lin K., Lüll K., Malden D.E., Medina-Gomez C., Machado M., Moore A., Rüeger S., Sim X., Vrieze S., Ahluwalia T.S., Akiyama M., Allison M.A., Alvarez M., Andersen M.K., Ani A., Appadurai V., Arbeeva L., Bhaskar S., Bielak L.F., Bollepalli S., Bonnycastle L.L., Bork-Jensen J., Bradfield J.P., Bradford Y., Braund P.S., Brody J.A., Burgdorf K.S., Cade B.E., Cai H., Cai Q., Campbell A., Cañadas-Garre M., Catamo E., Chai J.F., Chai X., Chang L.C., Chang Y.C., Chen C.H., Chesi A., Choi S.H., Chung R.H., Cocca M., Concas M.P., Couture C., Cuellar-Partida G., Danning R., Daw E.W., Degenhard F., Delgado G.E., Delitala A., Demirkan A., Deng X., Devineni P., Dietl A., Dimitriou M., Dimitrov L., Dorajoo R., Ekici A.B., Engmann J.E., Fairhurst-Hunter Z., Farmaki A.E., Faul J.D., Fernandez-Lopez J.C., Forer L., Francescatto M., Freitag-Wolf S., Fuchsberger C., Galesloot T.E., Gao Y., Gao Z., Geller F., Giannakopoulou O., Giulianini F., Gjesing A.P., Goel A., Gordon S.D., Gorski M., Grove J., Guo X., Gustafsson S., Haessler J., Hansen T.F., Havulinna A.S., Haworth S.J., He J., Heard-Costa N., Hebbar P., Hindy G., Ho Y.A., Hofer E., Holliday E., Horn K., Hornsby W.E., Hottenga J.J., Huang H., Huang J., Huerta-Chagoya A., Huffman J.E., Hung Y.J., Huo S., Hwang M.Y., Iha H., Ikeda D.D., Isono M., Jackson A.U., Jäger S., Jansen I.E., Johansson I., Jonas J.B., Jonsson A., Jørgensen T., Kalafati I.P., Kanai M., Kanoni S., Kårhus L.L., Kasturiratne A., Katsuya T., Kawaguchi T., Kember R.L., Kentistou K.A., Kim H.N., Kim Y.J., Kleber M.E., Knol M.J., Kurbasic A., Lauzon M., Le P., Lea R., Lee J.Y., Leonard H.L., Li S.A., Li X., Li X., Liang J., Lin H., Lin S.Y., Liu J., Liu X., Lo K.S., Long J., Lores-Motta L., Luan J., Lyssenko V., Lyytikäinen L.P., Mahajan A., Mamakou V., Mangino M., Manichaikul A., Marten J., Mattheisen M., Mavarani L., McDaid A.F., Meidtner K., Melendez T.L., Mercader J.M., Milaneschi Y., Miller J.E., Millwood I.Y., Mishra P.P., Mitchell R.E., Møllehave L.T., Morgan A., Mucha S., Munz M., Nakatochi M., Nelson C.P., Nethander M., Nho C.W., Nielsen A.A., Nolte I.M., Nongmaithem S.S., Noordam R., Ntalla I., Nutile T., Pandit A., Christofidou P., Pärna K., Pauper M., Petersen ERB, Petersen L.V., Pitkänen N., Polašek O., Poveda A., Preuss M.H., Pyarajan S., Raffield L.M., Rakugi H., Ramirez J., Rasheed A., Raven D., Rayner N.W., Riveros C., Rohde R., Ruggiero D., Ruotsalainen S.E., Ryan K.A., Sabater-Lleal M., Saxena R., Scholz M., Sendamarai A., Shen B., Shi J., Shin J.H., Sidore C., Sitlani C.M., Slieker R.C., Smit RAJ, Smith A.V., Smith J.A., Smyth L.J., Southam L., Steinthorsdottir V., Sun L., Takeuchi F., Tallapragada DSP, Taylor K.D., Tayo B.O., Tcheandjieu C., Terzikhan N., Tesolin P., Teumer A., Theusch E., Thompson D.J., Thorleifsson G., Timmers PRHJ, Trompet S., Turman C., Vaccargiu S., van der Laan S.W., van der Most P.J., van Klinken J.B., van Setten J., Verma S.S., Verweij N., Veturi Y., Wang C.A., Wang C., Wang L., Wang Z., Warren H.R., Bin Wei W., Wickremasinghe A.R., Wielscher M., Wiggins K.L., Winsvold B.S., Wong A., Wu Y., Wuttke M., Xia R., Xie T., Yamamoto K., Yang J., Yao J., Young H., Yousri N.A., Yu L., Zeng L., Zhang W., Zhang X., Zhao J.H., Zhao W., Zhou W., Zimmermann M.E., Zoledziewska M., Adair L.S., Adams HHH, Aguilar-Salinas C.A., Al-Mulla F., Arnett D.K., Asselbergs F.W., Åsvold B.O., Attia J., Banas B., Bandinelli S., Bennett D.A., Bergler T., Bharadwaj D., Biino G., Bisgaard H., Boerwinkle E., Böger C.A., Bønnelykke K., Boomsma D.I., Børglum A.D., Borja J.B., Bouchard C., Bowden D.W., Brandslund I., Brumpton B., Buring J.E., Caulfield M.J., Chambers J.C., Chandak G.R., Chanock S.J., Chaturvedi N., Chen Y.I., Chen Z., Cheng C.Y., Christophersen I.E., Ciullo M., Cole J.W., Collins F.S., Cooper R.S., Cruz M., Cucca F., Cupples L.A., Cutler M.J., Damrauer S.M., Dantoft T.M., de Borst G.J., de Groot LCPGM, De Jager P.L., de Kleijn DPV, Janaka de Silva H., Dedoussis G.V., den Hollander A.I., Du S., Easton D.F., Elders PJM, Eliassen A.H., Ellinor P.T., Elmståhl S., Erdmann J., Evans M.K., Fatkin D., Feenstra B., Feitosa M.F., Ferrucci L., Ford I., Fornage M., Franke A., Franks P.W., Freedman B.I., Gasparini P., Gieger C., Girotto G., Goddard M.E., Golightly Y.M., Gonzalez-Villalpando C., Gordon-Larsen P., Grallert H., Grant SFA, Grarup N., Griffiths L., Gudnason V., Haiman C., Hakonarson H., Hansen T., Hartman C.A., Hattersley A.T., Hayward C., Heckbert S.R., Heng C.K., Hengstenberg C., Hewitt A.W., Hishigaki H., Hoyng C.B., Huang P.L., Huang W., Hunt S.C., Hveem K., Hyppönen E., Iacono W.G., Ichihara S., Ikram M.A., Isasi C.R., Jackson R.D., Jarvelin M.R., Jin Z.B., Jöckel K.H., Joshi P.K., Jousilahti P., Jukema J.W., Kähönen M., Kamatani Y., Kang K.D., Kaprio J., Kardia SLR, Karpe F., Kato N., Kee F., Kessler T., Khera A.V., Khor C.C., Kiemeney LALM, Kim B.J., Kim E.K., Kim H.L., Kirchhof P., Kivimaki M., Koh W.P., Koistinen H.A., Kolovou G.D., Kooner J.S., Kooperberg C., Köttgen A., Kovacs P., Kraaijeveld A., Kraft P., Krauss R.M., Kumari M., Kutalik Z., Laakso M., Lange L.A., Langenberg C., Launer L.J., Le Marchand L., Lee H., Lee N.R., Lehtimäki T., Li H., Li L., Lieb W., Lin X., Lind L., Linneberg A., Liu C.T., Liu J., Loeffler M., London B., Lubitz S.A., Lye S.J., Mackey D.A., Mägi R., Magnusson PKE, Marcus G.M., Vidal P.M., Martin N.G., März W., Matsuda F., McGarrah R.W., McGue M., McKnight A.J., Medland S.E., Mellström D., Metspalu A., Mitchell B.D., Mitchell P., Mook-Kanamori D.O., Morris A.D., Mucci L.A., Munroe P.B., Nalls M.A., Nazarian S., Nelson A.E., Neville M.J., Newton-Cheh C., Nielsen C.S., Nöthen M.M., Ohlsson C., Oldehinkel A.J., Orozco L., Pahkala K., Pajukanta P., Palmer CNA, Parra E.J., Pattaro C., Pedersen O., Pennell C.E., Penninx BWJH, Perusse L., Peters A., Peyser P.A., Porteous D.J., Posthuma D., Power C., Pramstaller P.P., Province M.A., Qi Q., Qu J., Rader D.J., Raitakari O.T., Ralhan S., Rallidis L.S., Rao D.C., Redline S., Reilly D.F., Reiner A.P., Rhee S.Y., Ridker P.M., Rienstra M., Ripatti S., Ritchie M.D., Roden D.M., Rosendaal F.R., Rotter J.I., Rudan I., Rutters F., Sabanayagam C., Saleheen D., Salomaa V., Samani N.J., Sanghera D.K., Sattar N., Schmidt B., Schmidt H., Schmidt R., Schulze M.B., Schunkert H., Scott L.J., Scott R.J., Sever P., Shiroma E.J., Shoemaker M.B., Shu X.O., Simonsick E.M., Sims M., Singh J.R., Singleton A.B., Sinner M.F., Smith J.G., Snieder H., Spector T.D., Stampfer M.J., Stark K.J., Strachan D.P., 't Hart L.M., Tabara Y., Tang H., Tardif J.C., Thanaraj T.A., Timpson N.J., Tönjes A., Tremblay A., Tuomi T., Tuomilehto J., Tusié-Luna M.T., Uitterlinden A.G., van Dam R.M., van der Harst P., Van der Velde N., van Duijn C.M., van Schoor N.M., Vitart V., Völker U., Vollenweider P., Völzke H., Wacher-Rodarte N.H., Walker M., Wang Y.X., Wareham N.J., Watanabe R.M., Watkins H., Weir D.R., Werge T.M., Widen E., Wilkens L.R., Willemsen G., Willett W.C., Wilson J.F., Wong T.Y., Woo J.T., Wright A.F., Wu J.Y., Xu H., Yajnik C.S., Yokota M., Yuan J.M., Zeggini E., Zemel B.S., Zheng W., Zhu X., Zmuda J.M., Zonderman A.B., Zwart J.A., Chasman D.I., Cho Y.S., Heid I.M., McCarthy M.I., Ng MCY, O'Donnell C.J., Rivadeneira F., Thorsteinsdottir U., Sun Y.V., Tai E.S., Boehnke M., Deloukas P., Justice A.E., Lindgren C.M., Loos RJF, Mohlke K.L., North K.E., Stefansson K., Walters R.G., Winkler T.W., Young K.L., Loh P.R., Yang J., Esko T., Assimes T.L., Auton A., Abecasis G.R., Willer C.J., Locke A.E., Berndt S.I., Lettre G., Frayling T.M., Okada Y., Wood A.R., Visscher P.M., Hirschhorn J.N.
Working group(s)
23andMe Research Team, VA Million Veteran Program, DiscovEHR (DiscovEHR and MyCode Community Health Initiative), eMERGE (Electronic Medical Records and Genomics Network), Lifelines Cohort Study, PRACTICAL Consortium, Understanding Society Scientific Group
Contributor(s)
Partida G.C., Sun Y., Croteau-Chonka D., Vonk J.M., Chanock S., Le Marchand L.
ISSN
1476-4687 (Electronic)
ISSN-L
0028-0836
Publication state
Published
Issued date
10/2022
Peer-reviewed
Oui
Volume
610
Number
7933
Pages
704-712
Language
english
Notes
Publication types: Journal Article ; Research Support, N.I.H., Extramural ; Research Support, Non-U.S. Gov't
Publication Status: ppublish
Abstract
Common single-nucleotide polymorphisms (SNPs) are predicted to collectively explain 40-50% of phenotypic variation in human height, but identifying the specific variants and associated regions requires huge sample sizes <sup>1</sup> . Here, using data from a genome-wide association study of 5.4 million individuals of diverse ancestries, we show that 12,111 independent SNPs that are significantly associated with height account for nearly all of the common SNP-based heritability. These SNPs are clustered within 7,209 non-overlapping genomic segments with a mean size of around 90 kb, covering about 21% of the genome. The density of independent associations varies across the genome and the regions of increased density are enriched for biologically relevant genes. In out-of-sample estimation and prediction, the 12,111 SNPs (or all SNPs in the HapMap 3 panel <sup>2</sup> ) account for 40% (45%) of phenotypic variance in populations of European ancestry but only around 10-20% (14-24%) in populations of other ancestries. Effect sizes, associated regions and gene prioritization are similar across ancestries, indicating that reduced prediction accuracy is likely to be explained by linkage disequilibrium and differences in allele frequency within associated regions. Finally, we show that the relevant biological pathways are detectable with smaller sample sizes than are needed to implicate causal genes and variants. Overall, this study provides a comprehensive map of specific genomic regions that contain the vast majority of common height-associated variants. Although this map is saturated for populations of European ancestry, further research is needed to achieve equivalent saturation in other ancestries.
Keywords
Humans, Body Height/genetics, Gene Frequency/genetics, Genome, Human/genetics, Genome-Wide Association Study, Haplotypes/genetics, Linkage Disequilibrium/genetics, Polymorphism, Single Nucleotide/genetics, Europe/ethnology, Sample Size, Phenotype, Chromosome Mapping
Pubmed
Web of science
Open Access
Yes
Create date
17/10/2022 12:29
Last modification date
05/10/2023 5:58
Usage data