Protein-Binding Microarray Technology and ChIP-Sequencing for the Identification of Novel Targets of the Human Tumor Suppressor AP2α

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Serval ID
serval:BIB_596DB8A14903
Type
PhD thesis: a PhD thesis.
Collection
Publications
Title
Protein-Binding Microarray Technology and ChIP-Sequencing for the Identification of Novel Targets of the Human Tumor Suppressor AP2α
Author(s)
Kerschgens Jan, Mermod Nicolas
Director(s)
Hubbell Jeffrey A.
Institution details
EPFL
Publication state
Accepted
Issued date
2009
Language
english
Abstract
Die Fehlregulierung der Genexpression in der lebenden Zelle kann die Ursache für komplexe Krankheit wie zum Beispiel Krebs sein. Eine Herausforderung angewandter biomedizinischer Forschung der post- genomischen Ära ist die Entwicklung von in vitro Techniken für die schnelle und kosteneffiziente Analyse von regulatorischen Genexpressionsmustern die Krankheit bedingen. Zwei grundlegend wichtige Aspekte dieses Bestrebens müssen besonders beachtet werden: (1) Messempfindlichkeit, da biologisch aktive Transkriptionsfactoren nur in geringer Konzentration im Nukleus der lebenden Zelle vorkommen (2) eine bestmögliche Nachbildung der nukleären Mikroumgebung um experimentelle Bedingungen, die dem natürlichen Zustand möglichst nahekommen, zu gewährleisten.
Der erste Teil dieser Doktorarbeit beschreibt die Anwendung von Protein- bindenden Mikroarrays (PBM) die langstängige DNA Moleküle als Messproben tragen für die Untersuchung eines humanen Krankheits- relevanten Proteins, des Tumorsuppressors ‘activating enhancer binding protein 2 alpha’ (AP2α). Der zweite Teil dieser Dissertation beschreibt wie Chromatin-Immunopräzipitation in Verbindung mit Hochdurchsatzsequenzierung (ChIP-seq) und anschliessender Datenanalyse zur Identifizierung eines neuen AP2α Bindemotives in einer Krebszelllinie führte.
Zuerst wurden Versuchsaufbau und Messprotokoll um Analysen von Protein- DNS Molekülwechselwirkungen mit Hilfe von Protein-bindender Mikroarrays durchführen zu können, enwickelt. Anschliessend wurde rekombinates AP2α Protein im E.coli Expressionssystem hergestellt und aufgereinigt. Darauf folgend wurde die Bindespezifizät des AP2α Proteins auf Mikroarrays mit
~6000 humanen Promoter- und Intergensequenzen untersucht. Diese Experimente bestätigten bekannte AP2α DNA Bindestellen und ermöglichten die Zuweisung neuer Zielsequenzen. Sequenzen mit hoher und niedriger Bindeaffinität wurden aus dem PBM Datensatz ausgewählt und mit Hilfe von Reportertransfektionsstudien und Chromatinimmunopräzipitations- experimenten (ChIP) auf spezifische in vivo Bindung von AP2α untersucht. Im Gegensatz zu den AP2α Sequenzen mit geringster Affinität hatten die am stärksten AP2α-gebundenen Sequenzen signifikante Effekte auf die Reportergenexpression. ChIP in Verbindung mit quantitativer PCR offenbarte, dass diese Sequenzen in vivo von AP2α gebunden werden. Von diesen Ergebnissen wurde Kallikrein 5, ein Mitglied der Kallikreinfamilie extrazellulärer Proteasen welche das prostataspezifische Antigen (PSA) miteinschliesst, die derzeit als einer der bedeutendsten Biomarker der Tumorentstehung verschiedener Arten von Krebs aufkommt, und das ‘growth- arrest specific 2’ (GAS-2) Protein, welches die Empfindlichkeit der Zelle für p53-abhängige Apoptose moduliert, als neue AP2α Zielsequenzen identifiziert. Abschliessend wurden Bindemuster von AP2α aus nukleären Zellextrakten von Brustkrebsgewebebiopsien auf den 6000 humane Promoter-tragenden Arrays untersucht und mit den Bindemustern von ‘gesunden’ Gewebeextrakten verglichen. Im Gesamten betrachtet, bestätigten diese Experimente bekannte AP2α Zielsequenzen. Interessanterweise wurde eine Diskrepanz von 26% offenbar als die Korrelation der Bindedaten von gesunden und Tumorgewebebiopsien ermittelt wurde. Dieses Ergebnis legt nahe, dass in Abhängigkeit vom Ursprung des Proteins, entweder von gesundem oder Tumorgewebeursprung, die DNS Bindespezifizität des zu analysierenden Proteinfaktors möglicherweise verändert werden kann und am Wichtigsten, diese Modifizierung der Bindepräferenz kann mit PBMs beobachtet werden.
Der zweite Teil dieser Doktorarbeit beschreibt die Analyse der AP2α Bindespezifizität durch die Verbindung von Chromatinimmunopräzipitation mit Hochdurchsatzsequenzierung (ChIP-seq). Die Bindespezifizität des humanen Tumorsuppressorproteins AP2α in der lebenden Zelle wurde in einem Darmkrebszellmodell untersucht. Die Analyse der ChIP-seq angereicherten Sequenzen resultierte in die Entdeckung eines neuen Erkennungsmotives für das Binden von AP2α in vivo. Interessanterweise ähnelt dieses Sequenzmotiv Motiven die in Datensätzen von Experimenten mit rekombinanten Protein alleine entdeckt wurden. Weitere Untersuchungen eines vorher beschriebenen, in vitro zugewiesenen, und des neuen ChIP-seq entdeckten Bindemotives wurden mit Hilfe von ‘electrophoretic mobility shift assays’ (EMSA, DNS-Bindekompetitionsexperimenten) durchgeführt. Hierbei wurde gezeigt, dass das neu endeckte Motiv dieselben Effekte mit nukleären Extrakten aus Darm und Brustkrebszellen zeigt. Dies legt eine generelle Relevanz des Motives, das heisst unabhängig vom Zelltyp, nahe. In diesen DNS-Bindekompetitionsexperimenten (EMSA) hebt die zuvor von in vitro Datensätzen berechnete DNS-Erkennungssequenz die Interaktion von nativem, aus nukleären Zellextrakten stammenden AP2α Protein mit dem ChIP-seq endeckten Motif nicht auf. Diese Beobachtung deutet auf eine komplexe Situation in der lebenden Zelle hin, welche möglicherweise Proteinkofaktoren benötigt um spezifische AP2α-DNA Interaktion zu ermöglichen. Um diese Hypothese und das neue Bindemotiv weiter zu bestätigen, sind zusätzliche Experimente notwendig.
Zusammenfassend beschreibt diese Doktorarbeit dass Protein-bindende Mikroarrays für die Analyse von Bindemustern von humanen krankheitsrelevanten Proteinen verwendet werden können. Es konnte gezeigt werden, das der entwickelte PBM Versuchsaufbau es ermöglichte neue krebsrelevante Zielgene für AP2α zu identifizieren. Desweiteren wurde ebenfalls gezeigt, dass der Versuchsaufbau empfindlich genug ist um direkt nukleäre Extrakte von Gewebebiopsien für spezifische DNA-Bindung zu untersuchen. Abschliessend wurde ein neues AP2α-DNA-Erkennungsmotiv in zellulären Experimenten ermittelt. Zusätzliche Experimente sind angebracht um zu untersuchen ob dieses Motiv direkt für die verlässliche Identifizierung von neuen Messprobensequenzen, welche dann anschliessend auf zukünftigen Protein-bindenden Mikroarrays immobilisiert werden können, verwendet werden kann. Im Verbund mit den Analysen weiterer Proteinkrankheitsmarker könnte diese Herangehensweise möglicherweise als Plattform dafür dienen PBM Technologie weiter in Richtung biotechnologischer Anwendung, wie zum Beispiel Diagnose transkriptioneller Marker oder Regulationsmustern von Krebs, zu entwickeln.
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The mis-regulation of gene transcription in the living cell can be the cause of complex human diseases like cancer. One challenge of the post-genomic era of biomedical research is the development of in vitro techniques for the rapid and cost-effective analysis of regulatory transcriptional patterns of disease. Two crucial points for this endeavour have to be considered: (1) Sensitivity, since biologically active transcription factors are expressed at low amounts in the nucleus of the living cell and (2) the as close as feasible reconstitution of the nuclear microenvironment in order to guarantee as close to natural conditions for the performance of experiments as possible.
The first part of this thesis reports on the application of protein-binding microarrays (PBM) bearing long-stranded DNA molecules for the analysis of a human disease-related protein, the human tumor suppressor activating enhancer-binding protein 2 alpha (AP2α). The second part of this thesis describes how chromatin-immunoprecipitation combined with high-throughput sequencing (ChIP-seq) and subsequent data analysis led to the discovery of a novel AP2α-binding motif in a cancer cell line model.
We first developed a setup and protocol to perform on-chip protein-DNA molecule interaction analyses. Following this, recombinant AP2α protein was produced and purified using an E.coli host system. AP2α was subsequently assessed for its binding specificity to an array of ~6000 human promoter and intergenic sequences. These experiments confirmed previously established AP2α DNA binding sequences and allowed the identification of novel ones. High and low binder sequences were selected from the PBM data and analyzed for specific AP2α binding in vivo utilizing reporter transfection and chromatin-immunoprecipitation (ChIP) assays. In contrast to the lowest AP2α- bound sequences, the highest PBM-bound sequences had significant effects on reporter gene expression. ChIP-qPCR revealed these sequences were bound by AP2α in vivo. From these results Kallikrein 5, a member of the kallikrein family of extracellular proteases that includes the prostate-specific antigen (PSA), which is currently emerging as one of the most prominent biomarkers of tumor progression for various types of cancers, and the growth- arrest specific 2 (GAS2) protein, which modulates cell susceptibility to p53-dependent apoptosis, were identified as novel AP2α targets. Finally, the binding patterns of AP2α from nuclear extracts of breast cancer tissue biopsies were assessed on the 6k human promoter arrays and compared to the binding patterns of ‘healthy’ tissue extracts. Overall these experiments confirmed known targets of AP2α. Interestingly a discrepancy of 26% was revealed when assessing the correlation of binding data from healthy and tumor tissue biopsies. This finding suggested that depending on the source of the protein, that is of either healthy or tumor tissue origin, the DNA-binding specificity of the protein factor under study might be altered and most importantly this change in binding specificity can be monitored by PBM.
The second part of this thesis describes the analysis of the binding specificity of AP2α by combining chromatin-immunoprecipitation with high-throughput sequencing (ChIP-seq). The binding specificity of the human tumor suppressor protein AP2α in the living cell was assessed in a colon cancer cell model. Analysis of the ChIP-seq enriched sequences resulted in the discovery of a novel recognition motif for the in vivo binding of AP2α. Interestingly, this sequence motif resembles the motifs discovered from data sets with recombinant protein alone. Further analysis of a previously described in vitro and the new ChIP-seq discovered binding motifs were performed by electrophoretic mobility shift assays, which demonstrated that the newly discovered motif shows the same effects with colon cancer and breast cancer nuclear extracts, thereby suggesting a general relevance of the motif independent of the cell type. In these DNA-binding competition experiments (EMSA), the previously computed, in vitro derived DNA recognition sequences does not abolish native AP2α protein (obtained from crude nuclear cell extracts) interaction with the ChIP-seq discovered motif. This observation indicates for a complex situation in vivo that might require protein co-factors in order to allow specific AP2α-DNA interaction. Therefore additional experiments will be required in order to assess the novel motif further.
In conclusion, this thesis work demonstrates that protein-binding microarrays (PBM) can be used for the analysis of binding patterns of a human disease- relevant protein. It could be shown that the PBM setup developed was capable of identifying novel cancer-linked target genes for AP2α. It was also shown to be sensitive enough to directly probe nuclear extracts from tissue biopsies for specific DNA-binding. Finally, a novel DNA-recognition motif for AP2α was discovered from cellular assays. Additional experiments are required to assess whether this motif can be utilized for the reliable assignment of novel probes that may subsequently be integrated onto protein- binding microarrays. Together with the analyses for additional protein markers of disease, this avenue might serve as a platform for developing PBM technology further towards biotechnological applications such as diagnostics of regulatory transcriptional markers and patterns of cancer.
Keywords
PROTEIN-BINDENDE MIKROARRAYS, AP2Α, REGULATION TRANSKRIPTIONELLER MUSTER VON KREBS, BIOMEDIZINISCHE GERÄTEENTWICKLUNG, CHIP-SEQUENZIERUNG, COMPUTATATIONAL BIOLOGY, MOLEKULARE DIAGNOSTIK., ROTEIN-BINDING MICROARRAYS, AP2α, REGULATION OF TRANSCRIPTIONAL PATTERNS OF CANCER, BIOMEDICAL DEVICE DEVELOPMENT, CHIP-SEQUENCING, COMPUTATIONAL BIOLOGY, MOLECULAR DIAGNOSTICS.
Create date
16/01/2020 13:06
Last modification date
17/01/2020 7:26
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