La mésalazine représente le traitement de choix de la RCUH active légère et des formes distales. Les corticoïdes (prednisolone ; prednisone) représentent le traitement de choix de la RCUH modérée et sévère et des formes étendues et totales. L'alternative aux traitements corticoïdiens classiques est représentée par les corticoïdes à effets secondaires moins importants (déflazacort) ou d'action principalement locale (budésonide). La ciclosporine par voie intraveineuse représente un traitement de dernière chance dans les formes sévères où une colectomie en urgence est discutée. Les autres formes de traitement font l'objet d'études en général non contrôlées et demandent donc confirmation (par exemple : anticorps anti-TNF, leucocytaphérèse).