La phagothérapie est l'utilisation thérapeutique des bactériophages, des virus bactériens capables de lyser spécifiquement leurs bactéries cibles. Le potentiel thérapeutique des bactériophages fut décrit par Felix D’Hérelle à l’Institut Pasteur à Paris en 1917 et les premières études de thérapie contre les infections bactériennes furent conduites en collaboration avec le scientifique géorgien, George Eliava. Limitée par le développement des antibiotiques à partir des années 1950, cette thérapie regagne de l'intérêt du fait de l'émergence de bactéries multirésistantes, qui constitue désormais un enjeu majeur de santé publique au niveau mondial. En théorie, elle présente certains avantages par rapport à l'antibiothérapie, en particulier une faible toxicité sur la flore commensale. L'expérience clinique est très limitée en dehors de certains pays qui n'ont pas cessé de la pratiquer, comme la Géorgie. Paradoxalement au vu de son ancienneté, il n'existe que très peu d'études randomisées et contrôlées permettant d'établir des indications précises. La phagothérapie reste pour l'instant limitée le plus souvent à un usage de type compassionnel. Fort de ces constatations, le Centre Hospitalier Universitaire Vaudois (CHUV) a inscrit le développement d'une plateforme de phagothérapie dans son plan stratégique 2019-2023.
D’après le rapport de 2020 de ANRESIS (base de données Suisse publique sur la résistance aux antibiotiques), la situation de l’antibiorésistance s’est légèrement stabilisée et a même régressée pour certains cas grâce aux efforts considérables entrepris ces dernières années afin de réduire et d’optimiser l’utilisation des antibiotiques. En effet, les taux de résistance de Staphylococcus aureus à la méticilline (MRSA) dans des isolats humains invasifs ont reculés en Suisse romande depuis 2010. La résistance de Streptococcus pneumoniae à la pénicilline est restée stable et la résistance envers la plupart des autres antibiotiques a baissée. Pour les Pseudomonas aeruginosa, les taux de résistance ont légèrement reculés depuis 2015. Pour les Acinetobacter spp., les taux de résistances sont demeurés stables y compris pour la résistance aux carbapénèmes. L’évolution n’est pas aussi favorable pour l’Enterococcus faecium avec une augmentation significative de la résistance à la vancomycine entre 2016 et 2020. La situation reste préoccupante pour les entérobactéries Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae qui présentent une augmentation régulière de la résistance aux quinolones et aux céphalosporines de 3ème génération entre 2010 et 2020. La résistance aux carbapénèmes demeure rare chez ces deux espèces de bactéries mais une augmentation des cas est cependant observée à l’échelle Suisse et des pays voisins.
Dans ce travail, 64 phages de la banque de phages du laboratoire du Dr. Gregory Resch, spécifiques aux K. pneumoniae, ont été testés contre 13 souches de K. pneumoniae productrices de cabapénémases provenant de patients hospitalisés au CHUV. Parmi ces 13 souches bactériennes, 8 étaient sensibles à au moins un phage. Deux souches étaient sensibles à 10 phages et une autre souche était sensible à 9 phages. En parallèle, 5 potentiels nouveaux phages spécifiques à des souches insensibles aux phages de la banque ont été isolés à partir des eaux usées du CHUV.
Ce travail met en lumière le résultat des politiques d’utilisations des antibiotiques en milieu hospitalier en Suisse, avec pour certaines bactéries, un recule ou une stabilisation du taux de l’antibiorésistance. Malgré ces efforts, les infections à germes multirésistants restent une problématique réelle pour certains patients en Suisse. Le travail de laboratoire a confirmé le potentiel de la phagothérapie contre des souches de K. pneumoniae productrices de carbapénémases infectants des patients hospitalisés aux CHUV .