Initial optimism about conquering infectious diseases in the mid-20th century was disrupted by new or re-emerging infections. The evolution of clinical microbiology, including automation, point-of-care testing (POCT), and advanced technologies like mass spectrometry and genomics, has significantly optimized diagnostic workflows and pathogen identification.
This thesis explores the transformative advancements in clinical microbiology over the past years and their critical role in infectious diseases management and pandemic response. More specifically, we investigate the implementation and impact of total laboratory automation (TLA) in a clinical microbiology laboratory, evaluating improvements in accuracy, efficiency, and reproducibility. This study also examines advanced antimicrobial susceptibility testing (AST) methods, highlighting innovative technologies such as nanomotion-based diagnostics.
Furthermore, the application of metagenomics in clinical studies is assessed for its effectiveness in predicting clinical outcome of patients with ventilator associated pneumonia (VAP). The rapid deployment of COVID-19 diagnostics faced significant challenges, and this thesis evaluates integrated diagnostic tools for their role in managing the pandemic.
The aims of this thesis include optimizing laboratory workflows through automation, enhancing AST methods, applying metagenomics in critical care settings, and evaluating diagnostic tools for COVID-19. By addressing these areas, this research contributes to advancing clinical microbiology practices and improving patient care and public health responses.
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L'optimisme initial concernant la conquête des maladies infectieuses au milieu du XXe siècle a été perturbé par l'apparition de nouvelles infections ou la réémergence de certaines maladies infectieuses. L'évolution de la microbiologie clinique, incluant l'automatisation, les point-of-care tests (POCT), ainsi que d’autres technologies avancées comme la spectrométrie de masse et la génomique, a optimisé le flux de travail et l'identification des pathogènes.
Cette thèse explore les avancées transformatrices en microbiologie clinique au cours des dernières années et leur rôle crucial dans la gestion des maladies infectieuses et la réponse aux pandémies. Plus spécifiquement, nous examinons la mise en œuvre et l'impact de l'automatisation totale dans un laboratoire de microbiologie clinique, en évaluant les améliorations en termes de précision, d'efficacité et de reproductibilité. Cette étude examine également des méthodes novatrices de tests de sensibilité aux antimicrobiens, en mettant en lumière des technologies innovantes telles que la nanomotion.
De plus, l'application de la métagénomique dans la prédiction de l’outcome clinique des patients atteints de pneumonie associée à la ventilation (VAP) est évaluée. Le déploiement rapide des diagnostics pour COVID-19 a rencontré des défis significatifs, et cette thèse évalue les outils diagnostiques et leur rôle dans la gestion de la pandémie.
Les objectifs de cette thèse incluent l'optimisation du flux de travail du laboratoire grâce à l'automatisation, l'amélioration de l’AST, l'application de la métagénomique en clinique et l'évaluation des outils diagnostiques pour le COVID-19. En abordant ces domaines, cette recherche contribue à l'avancement des pratiques de microbiologie clinique et à l'amélioration des soins prodigués aux patients.