Le bilan préopératoire des patients avec cardiopathies congénitales diffère selon l'âge du patient et sa pathologie cardiaque. Dans la plupart des pathologies un bilan sanguin et une échocardiographie seront suffisant, tandis que dans les cardiopathies complexes un bilan plus extensif incluant un cathétérisme cardiaque, une IRM ou un CT-Scan sera impératif. De même certains examens préopératoires seront effectués systématiquement chez le nouveau-né alors qu'ils ne sont pas nécessaire chez l'enfant plus âgé. Dans chaque cas la décision opératoire se fait en concertation entre le cardiologue pédiatre et le chirurgien cardiaque sur la base de l'anamnèse, de l'examen clinique, des résultats de laboratoire et du status cardiaque du patient.